Flye软件简介
Flye是针对三代测序数据开发的基因组de novo组装的生信软件。同时也可拼接质粒和宏基因组。
Flye官网
代码语言：javascript复制https://github.com/fenderglass/Flye
Flye软件安装
代码语言：javascript复制#1、conda安装flye
conda install -y flye
#2、编译安装flye
wget
https://github.com/fenderglass/Flye/archive/refs/heads/flye.zip
# 解压文件
unzip flye.zip
# 安装软件
cd Flye-flye
make
# 将软件添加到环境变量
vim ~/.bashrc
PATH=/opt/biosoft/GENOME/Flye-flye/bin/:$PATH
source ~/.bashrc
Tips：①如果wget无法下载建议用浏览器下载后自行传入服务器；②将软件添加到bashrc时，需要根据自己软件的安装位置进行添加；添加完成后需要source刷新一下
Flye示例数据下载
代码语言：javascript复制# pacbio示例数据下载
wget
-O pacbio.sra
https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR8494912/SRR8494912
# nanopore示例数据下载
wget
-O nanopore.sra
https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR8494939/SRR8494939
Flye示例数据处理（sra转fastq)
代码语言：javascript复制# pacbio示例数据处理（sra转fastq)
fastq-dump --gzip --split-3 pacbio.sra
# nanopore示例数据处理（sra转fastq)
fastq-dump --gzip --split-3 nanopore.sra
Tips：fastq-dump会将sra格式转化成fastq格式，同时--gzip参数会对fastq进行压缩，示例pacbio.sra最终会被转化为pacbio.fastq.gz
Flye常用选项参数
代码语言：javascript复制--nano-raw ：设置 nanopore 原始数据所在路径
--nano-corr ：设置纠错后的 nanopore 数据所在路径
--pacbio-raw ：设置 pacbio 原始数据所在路径
--pacbio-corr ：设置纠错后 pacbio 数据所在路径
--genome-size ：预估基因组大小，评估覆盖深度
--threads ：线程数
--out-dir ：输出结果文件路径
Tips：--pacbio-corr/--nano-raw纠错时间较长，效果甚微，一般建议直接输入原始数据进行拼接
Flye使用案例
代码语言：javascript复制flye
--pacbio-raw pacbio.fastq.gz
--genome-size 5.4m
--out-dir pacbio_flye_out
Flye主要结果输出文件
代码语言：javascript复制assembly_info.txt # 查看组装结果是否成环
assembly.fasta # 最终组装结果文件，用于下游分析
## 通过cat命令查看assembly_info.txt信息
$ cat assembly_info.txt
#seq_name length cov. circ. repeat mult. graph_path
contig_1 5314007 182 - 1 1
contig_2 107531 249 - - 1 2,3
contig_4 88570 178 - 1 4
contig_5 175726 204 - - 1 5,3
Tips：assembly_info.txt中circ显示是否成环，"＋"表示已经成环，"-"表示未成环
