ADAM——动脉瘤检测和分割挑战(三)

2022-08-20 11:26:46 浏览数 (3)

今天将分享动脉瘤检测和分割的第三步二值化分割的完整实现过程,为了方便大家学习理解整个流程,将整个流程步骤进行了整理,并给出详细的步骤结果。感兴趣的朋友赶紧动手试一试吧。

一、数据分析与预处理

首先将训练中有效的颅内动脉瘤的数据提取出来,有一些数据是没有动脉瘤,不作为训练数据,此外标签值1是未破裂的动脉瘤,标签值2是治疗过或破裂的动脉瘤,挑战的目的是自动检测或分割未治疗,未破裂的动脉瘤(标签0与标签1)。因此,不需要检测已治疗的动脉瘤的方法。

统计所有可用数据的spacing大小和图像大小,平均值分别是(0.352,0.352,0.547),(556,556,132),血管肿瘤的boundingbox平均值是(11,11,7.3)像素大小,将原始图像和Mask图像统一缩放到到spacing是(0.3,0.3,0.3)分辨率大小。

对金标准Mask进行分析得到每个颅内血管瘤的boundingbox,以boundingbox的中心裁切出(64,64,64)大小的区域出来。再对裁切出来的图像进行(5,95)像素范围截断并以均值为0,方差为1的归一化处理。

数据增强:为了增强样本的多样性,对裁切出来的数据进行5倍数据扩充,扩充策略是以下随机组合——随机旋转30度,x,y,z随机平移0.1大小,水平,垂直随机翻转等。

二、分割网络

网络主体采用的是VNet3d的结构,损失函数采用的是dice,学习率是0.001,dropout是0.5,迭代次数是20epochs,batchsize是6,优化器是AdamOptimizer。

三、网络训练和测试

训练损失结果和精度结果

在测试数据上通过人为指定颅内动脉瘤一个中心点坐标,然后再对该中心点截取(64,64,64)大小的区域来进行分割,分割结果如下所示,左图是金标准结果,右图是预测结果。

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