严格来说,这篇推送主要讲的不是MR-Egger方法,而是帮大家整体理解一下如何恰当选择MR的三大传统计算方法,它们包括IVW,MR-Egger和Weighted Median。
IVW是最早使用的方法,也是最常用的,它需要SNP完全符合MR研究三原则才能得到正确的因果估计;MR-Egger多加了截距项,其主要目的是判断水平多效性的有无;Weighted Median是利用大部分SNP(majority of genetic variants)来判断因果关系的有无。
接下来是重点部分:
首先推荐使用“MR-PRESSO”包(后面我会简单介绍它的使用情况)来检测outliers是否存在,一旦存在,剔除outliers,然后进行下面的分析。当然,大家也可以使用leave-one-out sensitivity analysis的方法剔除outliers,但我个人更倾向于”MR-PRESSO“方法。
MR方法选择三大原则:
(1)在没有异质性和多效性的情况下,优先使用IVW的估计结果;
(2)只有异质性,没有多效性时,优先使用Weighted Median方法的结果(也可以使用IVW的随机效应模型);
(3)有多效性时,优先使用MR-Egger方法计算出的结果。
最后提醒一下,SNP数目多的时候统计效力足,但是异质性和多效性可能会比较大,如果去除部分SNP后,可以消除异质性和多效性,但是会导致统计效力低,使结果变成阴性。因此,大家需要好好斟酌一下选择何种方法!
无论数据怎么变,真理永远都在那儿!
上述选取原则具有一定普适性,希望大家记住,感兴趣的可以深入理解一下为什么遵循这些原则。
参考文献:
1.Burgess S, Thompson SG.Interpreting findings from Mendelian randomization using the MR-Egger method.Eur J Epidemiol. 2017 May;32(5):377-389. doi: 10.1007/s10654-017-0255-x. Epub2017 May 19.