如何在Windows电脑上使用LDSC软件(1)---Linux子系统安装

2022-08-21 17:41:35 浏览数 (1)

LDSC (LD Score Regression)是基于LD评分的回归分析,主要用于计算表型的可遗传度(heritability)和表型间的遗传关联度(genetic correlation),是群体遗传学常用的分析软件,目前在Github上已收获386颗星,其影响力可见一般(https://github.com/bulik/ldsc)。

最近米老鼠正在Windows系统上使用这个工具,中间经历了太多的坑,现在整理一下和大家分享。

虽然这个Python工具的功能很强大,但它是基于Python 2.7编写的,因此对一些依赖包有特定的版本要求,具体如下:

这里有个包pybedtoools 0.7,它是没有Windows版本的,因此想单纯在Windows系统上使用LDSC是完全不可能,这时候注定必须依赖Linux系统来完成LDSC,所以基本上只有两个选择:(1)安装虚拟机,在虚拟机上装Linux系统;(2)安装Windows的Linux子系统(WSL)。考虑到WSL使用简单并且占用的物理内存较少,故米老鼠开始在自己的Windows上安装WSL了。

首先声明一下,米老鼠现在使用的是Windows11操作系统,以下操作均是基于该系统完成的,如果是其它Windows版本的小伙伴们需要注意一下。

首先需要咱们在搜索框里输入并打开“启用或关闭Windows功能”这一功能,然后勾选“适用于Linux的Windows子系统”和“虚拟机平台”这两个选项,如下图所示:

然后点击“确定”,这时候电脑会开始进行配置,配置完成后重启电脑即生效。

然后“Win R”打开“运行”,在里面输入“cmd”,如下图所示:

点击“确定”后即可进入Windows的命令提示符界面,接下来咱们使用命令行安装Linux子系统:

代码语言:javascript复制
wsl --list --online

如上图所示,有Ubuntu,Debian,kali,openSUSE和SLES这五个可选,其中Ubuntu也有三个不同版本可选

接下来咱们输入如下指令:

代码语言:javascript复制
wsl --install

该指令会默认下载并安装Ubuntu子系统

如果想下载其他版本的话,可以使用如下指令:

代码语言:javascript复制
wsl --install -d <DistributionName>

把<DistributionName>替换成特定的Linux系统的NAME即可。

具体的安装信息请查阅官网文档 (https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install)

安装完成后,我们在检索框输入“Ubuntu”后就会出现Ubuntu的小图标,点击后打开即可,初次进入的用户需要设置用户名和密码

最终的页面如下图所示:

关于Linux子系统的安装就完成了,是不是感觉比安装虚拟机简单很多呢?这是咱们使用LDSC的第一步,在下一期内容中米老鼠会带大家配置LDSC的 使用环境(坑实在太多了。。。。),敬请期待!!!

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