由于上游的分析是公司给做的，但是发现我在跟他们说样本名字的时候发错了，想后面自己更改一下每个orig.ident和groups的名字，百度了一下有没有类似问题，果然在seurat的官网上发现了类似的问题（https://github.com/satijalab/seurat/issues/1479
）。
代码整理
代码语言：javascript复制##官网上回答问题的作者给予的回答
> # Quickly preview the metadata
> head(x = pbmc_small[[]])
orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8
ATGCCAGAACGACT SeuratProject 70 47 0
CATGGCCTGTGCAT SeuratProject 85 52 0
GAACCTGATGAACC SeuratProject 87 50 1
TGACTGGATTCTCA SeuratProject 127 56 0
AGTCAGACTGCACA SeuratProject 173 53 0
TCTGATACACGTGT SeuratProject 70 48 0
letter.idents groups RNA_snn_res.1
ATGCCAGAACGACT A g2 0
CATGGCCTGTGCAT A g1 0
GAACCTGATGAACC B g2 0
TGACTGGATTCTCA A g2 0
AGTCAGACTGCACA A g2 0
TCTGATACACGTGT A g1 0
> # Create a new metadata column called "original" with the contents of "orig.ident"
> pbmc_small$original <- pbmc_small$orig.ident
> # Remove the "orig.ident" metadata column
> pbmc_small$orig.ident <- NULL
> # Quickly preview the metadata again
> head(x = pbmc_small[[]])
nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8 letter.idents groups
ATGCCAGAACGACT 70 47 0 A g2
CATGGCCTGTGCAT 85 52 0 A g1
GAACCTGATGAACC 87 50 1 B g2
TGACTGGATTCTCA 127 56 0 A g2
AGTCAGACTGCACA 173 53 0 A g2
TCTGATACACGTGT 70 48 0 A g1
RNA_snn_res.1 original
ATGCCAGAACGACT 0 SeuratProject
CATGGCCTGTGCAT 0 SeuratProject
GAACCTGATGAACC 0 SeuratProject
TGACTGGATTCTCA 0 SeuratProject
AGTCAGACTGCACA 0 SeuratProject
TCTGATACACGTGT 0 SeuratProject
##You can add metadata columns using AddMetaData, the [[ operator, or the $ operator. For your specific case, I would create a character vector of 'ctrl' or 'patient' based on testing the value of your metadata column, then add it in like I did above.
由于后面需要加入addmetadata这个函数，因此就想起了前几天做复现的时候用过这个函数，因此准备直接搬运，把作者的代码改了改。
首先需要一个xlsx格式的表格，将自己想要的信息填上，类似于以下的格式。
xlsx表格示例其中有一列需要与自己的矩阵里面的信息一样，因为后面我们要用left_join进行合并，我这里选用的是orig.ident。
代码语言：javascript复制##load library,先加载一堆有的没的包，防止后面代码找不到函数，没办法调取
library(Seurat)
library(dplyr)
library(reticulate)
library(sctransform)
library(cowplot)
library(ggplot2)
library(viridis)
library(tidyr)
library(magrittr)
library(reshape2)
library(readxl)
library(progeny)
library(readr)
library(stringr)
##先读取xlsx格式的表格
metatable <- read_excel("id_change.xlsx")
metadata <- FetchData(seu_obj, "orig.ident")
metadata$cell_id <- rownames(metadata)
metadata$sample_id <- metadata$orig.ident
##left_join：左连接，保留X中得所有观测，这样可以保留原表数据
metadata <- left_join(x = metadata, y = metatable, by = "orig.ident")
rownames(metadata) <- metadata$cell_id
##AddMetaData：添加元数据列；AddMetaData()中传递给元数据参数的内容必须是具有与数据@meta.data中的行名匹配的行名的数据框
seu_obj <- AddMetaData(seu_obj, metadata = metadata)
##查看矩阵情况
head(seu_obj)
##发现多了original、sample_id、cell_id、Groups几列，需要把original替换为orig.ident
##如果是cell_id及sample_id自己研究不在需要，可以跳过那两行代码
##删去orig.ident行，参考seurta官网答疑的代码
seu_obj$orig.ident <- NULL
##新生成orig.ident的一列
seu_obj$orig.ident <- seu_obj$original
##删去original列
seu_ob$original <- NULL
##查看seurat对象情况
seu_obj
##选择新给予的分组进行test，看看能不能有图出来，表明改的是合理的
DimPlot(seu_obj, group.by = "orig.ident", pt.size = 0.1)
测试的umap图总结
目前是通过手动改矩阵的列没有发现问题，明天还需要跟公司那边讨论一下这种方法的可行度怎么样，但是能出图，基本保证一部分还是改对了，后面有可能需要对barcode进行再一次的修改。
