一、所有物种/基因都有共同的祖先
二、全基因组比对揭示直系同源片段
通过全基因组扫描，识别功能元件
三、比较基因组学揭示保守区
3.1 比较基因组学揭示功能元件
例如上图的基因外显子对老鼠、鸡、鱼都非常保守
3.2 开发估算约束水平的方法
- 计算替换和间隙的数量
- 估计突变的数量（包括反向突变的估计）
- 扫描保守区
- 估计受约束的“隐藏状态”的概率：HMM
- 使用系统发育来估计树突变率
- 允许树的不同部分有不同的比率：系统发育学
四、不同功能的进化特征
4.1 蛋白质编码基因
- 密码子替换频率
- 开放阅读框的保守性
4.2 RNA结构
- 补偿性变化
- G-U替换
4.3 microRNAs
- 结构特征：loops，pairs
- 与3’UTR基序的关系
4.4 调控基序
- 突变
- 保守性
五、引物设计
