一
论文题目：
SPARK-X: non-parametric modeling enables scalable and robust detection of spatial expression patterns for large spatial transcriptomic studies 论文摘要：
空间转录组学研究正变得越来越普遍，对许多分析任务提出了重要的统计和计算挑战。在这里，我们提出了spark-x，一种非参数方法，快速和有效的检测空间表达基因的大型空间转录组研究。spark-x不仅产生有效的I型误差控制和高功率，而且带来了数量级的计算节省。我们应用spark-X来分析三个大规模的数据集，其中一个只能由spark-X来分析。在这些数据中，spark-X识别了许多空间表达的基因，包括那些在同一细胞类型中空间表达的基因，揭示了新的生物学意义。
论文链接: https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-021-02404-0.pdf
二
论文题目
JAFFAL: detecting fusion genes with long-read transcriptome sequencing 摘要
在癌症中，融合是重要的诊断标志物和治疗靶点。对于最新星期的纳米孔测序得到的长读长转录组测序允许发现具有全长异构体结构的融合。然而，由于更高的测序错误率，为短读设计的融合发现算法不起作用。因此作者开发了 JAFFAL，从长读长转录组测序中识别融合信息。作者使用来自 Nanopore 和 PacBio 的模拟、细胞系和患者数据来验证 JAFFAL。作者将 JAFFAL 应用于单细胞数据，并发现跨越三个基因的融合表明从复杂重排中检测到的转录本。 JAFFAL 可在 https://github.com/Oshlack/JAFFA/wiki 获得。
论文地址
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02588-5
三
论文题目：
CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data
论文摘要：
从实验、条件、批次、时间点和其他技术考虑中整合单细胞测序数据是一个主要的挑战。需要新的计算方法来整合样本，同时保存生物信息。在这里，我们提出了一种无监督的无参考数据表示，即聚类相似度谱(CSS)，其中每个单元格由其与在样本中独立识别的聚类的相似性来表示。我们表明，CSS可以用于评估细胞异质性，并从大脑类器官和其他单细胞转录组数据中重建分化轨迹，并整合跨实验条件和人类个体的数据。
论文链接:
https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-020-02147-4.pdf
四
论文题目：
CellSIUS provides sensitive and specific detection of rare cell populations from complex single-cell RNA-seq data
论文摘要：
我们开发了CellSIUS（来自上调基因集的细胞亚型鉴定），以填补对scRNA-seq数据的罕见细胞群鉴定的方法空白。CellSIUS在对罕见细胞类型的特异性和选择性及其转录组特征识别方面优于现有的算法。利用CellSIUS对一种再现深层皮质发生的人类多能细胞分化方案进行了表征，揭示了在人类干细胞来源的细胞群中未被识别的复杂性。CellSIUS能够识别新的罕见细胞群及其特征基因，为这些群体在健康和疾病中的作用在体外研究提供了手段。
论文链接:
https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-019-1739-7.pdf
