由于CompactPCI的诸多优点，在很多领域有丰富的应用
1、列控设备动态监测系统：
动车组运用过程中，对涉及行车安全和效率的信号设备ATP、应答器、轨道电路、补偿电容等内容进行实时检测，实现列控设备和地面设备的实时检测和分析。在机箱的空槽空间设计专用串行总线模块，通过背板硬连接到CompactPCI系统背板；
2、机车信号车载系统
高铁车厢监控系统，对列车厢的温度、湿度、各种开关状态的监控。采用双层架构，专用调理模块与系统模块通过CompactPCI背板进行“硬”连接。
3、高铁防灾冗余控制系统
针对高铁沿线的风、雨、雪、地震、落物等灾害信息进行实时监控，一旦监测到异常，可直接向列车供电系统、信号系统发出指令，在第一时间使得列车降速乃至停车。在提供远程实时监测与报警的同时，实现所触发事件的完整记录。为增强安全性，系统采用冗余结构，在一台CompactPCI机箱内部配置双系统同时运行。
4、虚拟仪器测控系统
将PXI万用表卡与CompactPCI 开关控制卡同时运行在CompactPCI机箱，实现自动测试系统。
5、基于VxWorks的火箭发射仿真系统
- 实时模拟火箭发射与操作
- 控制站采用VxWorks系统，操作站采用Windows
- 使用1553B通讯
- AI/AO/DI/DO与通讯接口
6、地面武器仿真训练系统
- 模拟地面武器特性，进行战况仿真训练
- 为提高实时性，采用实时系统，达到微秒级同步控制
- 各种总线通讯，包括RS232/485，CAN2.0B等
- 高精度高密度数据采集，16位分辨率
- 16路模拟量输出，130路数字量输入与输出
7、军舰电子装备测试系统
- 变参数、多种类、多功能、大信息量的测量、控制及复杂的数据分析处理
- 采用Compact PCI结构，实时数据采集与分析
- 采用虚拟仪器技术，高精度数据采集
- 画面逼真，各种图表分析
