下面是记录单细胞学习过程中的两个R包报错
(生信技能树学员周现在)
1.SeuratData包，因为学习单细胞测序的很多示例数据全在这个包里，所以这个包的出镜频率其实是比较高的，但是我在成功下载后library出现了如下报错
1.1我的解决方法：因为我需要的是SeuratData包里的pbmc3k数据集，我就直接去下载了我需要的这个数据集然后手动安装后，就可以成功使用这个数据集呐
1.1.1服务器安装下载
('http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz')
1.1.2Rstudio手动安装
1.2帅气的Nickier助教在github上发现有人也出现了一模一样的报错，然后因为我觉得现在目前没有必要解决，就先没有去看。有同样问题的朋友可以去https://github.com/satijalab/seurat-data/issues/19看一下他人的解决方法
2.harmony包，harmony在单细胞测序多样本整合中速度快，内存小，整合效果也比较好，所以是比较常用的一个包。安装代码 devtools::install_github("immunogenomics/harmony")
2.1.2第一次尝试的报错，可以看到他提示我①removing 'C:/Users/29703/Documents/R/win-library/4.1/harmony';②dependency 'SingleCellExperiment' is not available for package 'harmony'
2.1自己尝试解决失败的记录
检查电脑里并没有这个安装包
尝试先安装SinglecellExperiment包，安装并成功library后进行第二次尝试
2.1.2第二次尝试的报错
报错提示 ①compilation failed for package 'harmony' ② removing 'C:/Users/29703/Documents/R/win-library/4.1/harmony' 同样查看了电脑里并没有这个文件夹，就去解决第一个提示compilation failed for package 'harmony'
查了一下这个报错(install package on windows ERROR: compilation failed for package ‘cldr’)发现可能是安装过程中部分包二进制编译的问题，加上type="binary"或许能解决。再次安装任然报错
2.2求助生信技能树，成功解决的记录
到此终于真相大白：一切都是因为我之前卸载并重新安装了R语言。重装之后没有更新最新版本的Rtools;并且当时没有卸载干净(这也就是为什么我安装了最新版本的Rtools还报错的原因了)。在帅气的Nickier助教的提示下，我卸载了R和Rtools，重启电脑后，重装了R和Rtools，之后就可以成功安装harmony包了。 大家其实看到上面的报错前还有一句Warning in system(cmd) : 'make' not found。但是因为在R语言学习的过程中，我一般都不会管Warning的信息只要不Error就接着跑。Nickier老师指出来这个warning可能是我的Rtools没有更新所致，然后我下载了最新版本的Rtools，但是仍然存在报错。但是此时的报错已经和之前不一样了(没有截图保留)简而言之就是，Rtools我是安装在C盘的，但是报错却出现了E盘的路径。
3.总结和反思
我们在学习的过程中难免会遇到很多问题，但是小洁老师在课上曾经展示的一张遇见报错怎么办的图让我印象深刻，也让我意识到要早日跳脱学生思维，要学会自己解决问题，其实我遇到的大部分问题都有前人遇见并解决过了，可以先自己搜索并试着解决(就比如其实我遇见的这个Warning in system(cmd) : 'make' not found，输入到检索引擎，其实是有解决方案的，但是因为我在学习的过程中形成了一个思维定式就是只管error，不看warning，导致我忽略了这个能帮助我解决问题的warning，不过这也算是积攒经验吧)。
其次要学会提问，我相信当我们在自己解决失败后，我们把自己的问题详细的记录下来，在群里提问或者发邮件给曾老师，他们肯定会乐于帮助我们哒(生信技能树的老师们都是可爱美丽帅气又善良的，嘻嘻~)。
最后借用小洁老师的一句话，和大家共勉，愿我们早日拥有解决大部分问题的能力!
