前期我们公众号推送了《fNIRS功能近红外数据处理工具包大盘点(全网最全)》,对现有的fNIRS数据处理工具包进行了整理总结。其中Homer2是对fNIRS数据进行预处理的常用工具包。本文将与大家分享Homer2的下载及安装方法,希望能对大家有所帮助。
1.Homer2简介
Homer2是一款基于MATLAB的工具包,是fNIRS数据的分析和显示的一个常用的免费开源平台,是由来自MGH-Martinos 生物医学成像中心和匹兹堡大学的多位学者联合开发的。该工具包用于分析fNIRS 数据以获得大脑激活的估计值和地形图。Homer2中包含有丰富的处理函数可以通过GUI界面灵活选择设置处理流,从而对fNIRS 数据进行预处理。单就运动伪迹去除就提供了多种常用的方法,如样条插值(Spline)、主成分分析(PCA)、小波分析(Wavelet)等。
2.Homer2下载
大家可以去Homer2官方地址进行下载,官方地址链接为https://homer-fnirs.org/。进入网页后,点击download(图1),进入Download界面(图2),点击NITRC site,进入下载界面(图3)。当然也可直接通过链接https://www.nitrc.org/projects/homer2进入该下载界面。
图1
图2
图3
拖动页面混动条使页面向下滑动即可看到下载位置(图4)。点击下拉箭头可以看到Homer2的所有版本。请注意:这里我们选择适用于Matlab使用的版本v2.8,p2.1:homer2_src_v2_8_11022018。点击右侧蓝色下载按钮。进入界面(图5)后,点击绿色同意按钮,即可下载。
图4
图5
3.Homer2安装
第一步:解压文件。将压缩文件解压后,打开homer2文件夹,可以看到homer2中包含的所有文件(图6)。一般将文件夹放置在D盘即可。
图6
第二步:在Matlab中添加Homer2文件,即安装该工具包。打开Matlab,选择设置路径,在弹出的界面(图7)中,选择。
图7
找到刚才解压后存放homer2文件夹的路径,选中文件夹homer2,再点击右下角的“选择文件夹”即可(图8)。
图8
之后会在Set Path界面看到添加的homer2文件(图9),点击下方保存按钮,再点击关闭按钮,安装便完成了。
图9
第三步:调用Homer2工具包,验证是否安装成功。现在我们来验证一下是否安装成功。首先将Matlab的当前路径设置为需要处理的.nirs文件所在的文件夹,之后在Matlab命令窗口中输入“Homer2_UI”(注意字母的大小写和下划线的正确输入),再点击键盘的回车,即可打开Homer2的界面了。
图10
安装成功!感兴趣的朋友们赶紧跟着这个教程试下吧,开始Homer2的学习之旅!