复制粘贴就能运行的100套R实战演练代码也有错误

前面整理了100多套R代码，因为时间跨度有点长，而且公众号写作后没办法修改，所以安排实习生进行代码审查，看看是不是确实复制粘贴就可以运行。

一定是对我们《生信技能树》爱得深沉，才会在这大过年的时间段收藏我们下面的目录，并且一个个点开，复制粘贴我的代码去自己的电脑里面的Rstudio运行并且理解吧！

基于基因集的样品队列分组之gsea等打分
基于基因集的样品队列分组之层次聚类
基于基因集的样品队列分组之PCA
不正常的illumina芯片数据如果使用lumi包的lumiR.batch函数读取会失败

果不其然发现了不少bugs

100. 4个基因如何做go和kegg数据库注释

运行最后报错，前面的代码并没有pro，需要自己随意赋值即可

99. 从R绘图入门看R语言学习方法论

运行下面这句代码的时候遇到了报错，但是我把devtools包删除后重新装了一下，再运行就可以了，不知道是不是这个原因，也有可能是网络不稳定？代码本身没有问题，也有看到网上有人说遇到类似报错先运行options(timeout=300)，增加timeout再进行install。

不同地区的小伙伴安装GitHub包会有不同的困难，目前无解

96 有必要把不同的染色体差异基因使用圈圈图展示么？

1、airway应该是一个S4对象，但是环境变量显示Object with null pionter，虽然不影响后面的运行,每运行一句都会warning，但是总觉得怪怪的，我还没有找到解决问题的办法，还是本身这个内置数据就是这样的？

2、拿到filter_count后，进行DESeq2分析前少了一句代码，所以出现报错

代码语言：javascript复制

exprSet <- filter_count

3、这句代码在画圈圈的部分，因为第一步结束的时候并未存成R.data，在第一步结束时save一下就好了

4、这个问题可能并不是所有人都会遇到，出现这个报错的原因是我电脑上ggplot2是3.3.6版本，而这里要求3.3.5，我把3.3.6版本卸载后，重新指定版本安装就搞定啦~

附带个人想法：我觉得圈圈图比较美观，但是信息量不大，火山图的信息量相对大一些。

95. 使用DEseq2做转录组测序差异分析的时候顺便去除批次效应

1、引入批次效应

代码想要实现的是"我们对b1批次的4个样品，随机抽取1000个基因干扰它的表达量，算是模拟了一个批次效应"，但是这里好像是对b1组全部基因都加了100，而不是随机抽取1000

代码语言：javascript复制

ct_with_batch = filter_count
x= sample(1:nrow(ct_with_batch))
y = which(batch=='b1')

ct_with_batch[x,y] = ct_with_batch[x,y] 100
dat=log2(edgeR::cpm(ct_with_batch) 1)
ht_for_RNAcounts(dat)

2、这篇文章里并没有做正常表达量矩阵的常规分析，这个应该是之前做好的.Rdata。这一步需要读者自己生成文件后再接着做后续分析，不过跑一下也很快的。

3、对人为引入的批次效应的表达量矩阵走常规差异部分，只做到了提取差异分析结果，缺失设置上下调基因等后续部分代码。

94. 在Mac或者Linux上面安装velocyto.R的成功经验分享

我按照方法依然装不上，已经解决了hcc的问题，关于boost，我这边显示已经安装上了，但R上面进行velocyto安装时依然报错，我还需要再努力研究看看。

尝试了一堆方法之后，开始报错如下，不知道是不是跟我电脑M1芯片有关，暂时放弃了

91. 相关性分析返回相关性系数的同时返回P值

1、因为之前没有安装"psych"包，所以开始安装这个包，发现目前的R版本装不了最新版本的Psych包，所以去CRAN网上查看了一下，发现5月10日时作者更新了包到2.2.5，所以又去查了这个包的历史版本，指定安装了2.2.3版本的R包，安装之后报错少了"mnormt"包，又去装了mnormt，最后成功安装psych包，