四年前我们的全国巡讲广州站的学员找到了我，说希望可以系统性出一个单细胞多组学线上培训视频课程，尤其是空间单细胞转录组加上单细胞免疫组库：
四年前我们的全国巡讲广州站的学员找到了我
确实，我们虽然有一个专注于单细胞数据处理技术分享的公众号：《单细胞天地》，但确实是一直专注于常规的单细胞转录组数据分析，无非是降维聚类分群，以及不同分组看细胞亚群比例差异或者表达量差异。上游就是我们多次分享过cellranger流程的笔记，大家可以自行前往学习，如下：
- 单细胞实战(一)数据下载
- 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项
- 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探
- 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览
- 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果
差不多几个小时就可以完成全部的样品的cellranger的定量流程，我们也反反复复在多个公共数据集里面演练了。参考：
- 10X单细胞转录组原始测序数据的Cell Ranger流程（仅需800元）
- 一个10x单细胞转录组项目从fastq到细胞亚群
- 一文打通单细胞上游：从软件部署到上游分析
- PRJNA713302这个10x单细胞fastq实战
- 一次曲折且昂贵的单细胞公共数据获取与上游处理
至于拿到单细胞表达量矩阵后的走seurat流程进行单细胞降维聚类分群，这样的基础分析，有基础10讲：
- 01. 上游分析流程
- 02.课题多少个样品，测序数据量如何
- 03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
- 04. 过滤线粒体核糖体基因
- 05. 去除细胞效应和基因效应
- 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群
- 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释
- 08.把拿到的亚群进行更细致的分群
- 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较
理论上大家应该是在普通单细胞转录组数据处理方面没有问题了，所以才会找我要单细胞多组学教程，比如（空间单细胞转录组加上单细胞免疫组库）
为什么不弄单细胞多组学线上培训视频课程
首要原因是我们的商业定位，专注于生物信息学基础打磨，就是计算机基础知识，分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：
- 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》
- 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》
针对这个生物信息学基础，我们有马拉松课程。强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI，多一点数据认知，让他们的科研上一个台阶：
- 数据挖掘（GEO,TCGA,单细胞）2022年5~6月场，快速了解一些生物信息学应用图表
- 生信入门课-2022年5~6月场，你的生物信息学第一课
这个马拉松课程我可以负责任的广而告之，因为授课内容设置，讲师和助教们培养，都是我一手带起来的，教学质量杠杠的。
而且但凡是打磨好基础其实后续任何多组学技术，都是可以自行看文档解决。比如自学空间单细胞转录组就是可以看：《Spatial deconvolution of HER2-positive breast cancer delineates tumor-associated cell type interactions》：
自带数据和代码的空间单细胞转录组文章
它有数据和代码：
- 代码，https://github.com/almaan/her2st
- 数据，https://zenodo.org/record/4751624#.YpGZtZNBz6M
