长链非编码RNA（LncRNA）近几年研究得可谓是非常火爆，大部分都聚焦在LncRNA与miRNA、mRNA之间的调控关系，构建ceRNA网络。然而LncRNA结合自噬、凋亡，铁死亡、DNA损伤修复等其他生物学过程同样可以成为好的研究切入点。如何在常规或非常规的科研思路下，做出富有创新性和临床意义的工作是每一位生信人都要面临的严峻考验。
小编检索了Pubmed上检索LncRNA，截止至今日已发表1244篇有关LncRNA的研究，可见LncRNA研究依然很火呀，今天小编就给大家分享几篇特别的lncRNA思路，一起来看看吧~
01
1.与细胞焦亡相关的lncRNA可预测乳腺癌患者预后及肿瘤免疫微环境。
Frontiers in cell and developmental biology, 9, 727183. https://doi.org/10.3389/fcell.2021.727183
本研究确定了与 乳腺癌（BC）预后细胞焦亡相关lncRNA signature，并建立了预后预测模型。同时，还发现细胞焦亡风险评分与 TILs 和免疫检查点分子的表达有关。因此，诱导细胞焦亡可能是提高 BC 免疫疗法疗效的潜在疗法。
方法：
从TCGA数据库下载女性 BC 患者的转录组数据和临床数据，共有 937 名患者被随机分配到训练集或验证集。在训练集中构建与细胞焦亡相关的 lncRNA signature，并在验证集中进行了验证；ssGSEA探索 METABRIC 和GSE20685数据库的BC表达谱中焦亡途径的激活水平。根据焦亡途径评分的中值分为焦亡上调组和焦亡下调组。Kaplan-Meier 分析比较上调组和下调组之间的生存差异；进行了与细胞焦亡相关的 lncRNA 相关的功能分析和免疫微环境分析。建立了基于风险评分和临床特征的列线图。
本研究流程图
结果：
1.训练集和验证集的患者临床特征。
2.构建：预后细胞焦亡相关lncRNA 特征。
3.验证：预后细胞焦亡相关lncRNA 特征。
验证集中的每个患者根据与训练集相同的公式获得风险评分。然后，根据与训练集相同的截止值将这些患者分为低风险组和高风险组。
4.细胞焦亡途径活性水平与BC患者预后相关。
进一步证实细胞焦亡与 BC 患者预后的关系，采用 ssGSEA 评估 METABRIC 和GSE20685数据库中 BC 患者细胞焦亡通路的激活水平。
5.焦亡相关 lncRNA 特征的独立预后价值，以及lncRNA-mRNA共表达的关系。
进行单变量 Cox 回归分析和多变量 Cox 回归分析以研究 BC 患者焦亡相关 lncRNA 特征的独立预后价值。桑基图所示的焦亡相关 lncRNA 与相应基因之间的 LncRNA-mRNA 共表达关系。
6.功能富集分析
进行基因集和功能富集分析 (GSEA) 以研究与细胞焦亡相关的 lncRNA 特征相关的信号通路。 GO 富集分析和 KEGG 通路分析进一步研究与细胞焦亡相关的 lncRNA 相关的生物学过程。
7.BC的肿瘤免疫微环境。
研究细胞焦亡相关lncRNA与肿瘤免疫微环境（TME）的关系，采用CIBERSORT算法计算BC患者中各类肿瘤浸润免疫细胞的比例。还比较了高危组和低危组之间细胞因子表达水平的差异。
8.探讨细胞焦亡相关的 lncRNA 特征在接受不同治疗方案的 BC 患者中的预后价值。
9.基于焦亡相关 lncRNA 特征的列线图的构建和验证。
为 BC 患者提供稳定准确的预测模型，将临床特征和风险评分纳入构建列线图。通过时间相关的 ROC 曲线分析评估列线图的预测准确性。
02
第2篇：脂肪细胞外泌体LncRNAs中m6A甲基化的诱导介导了骨髓瘤耐药性
Journal of experimental & clinical cancer research : CR, 41(1), 4. https://doi.org/10.1186/s13046-021-02209-w
本研究阐明了富含脂肪细胞的微环境如何加剧多发性骨髓瘤（MM）治疗耐药的未知机制，并提出了一种通过阻断这种外泌体介导的恶性循环来提高治疗效果的新策略。
方法：
从健康供体或分离MM 患者骨髓抽吸物来获取脂肪细胞。将正常脂肪细胞与 MM 细胞共培养用于产生 MM 相关脂肪细胞。从脂肪细胞的培养基中收集外泌体。进行膜联蛋白 V 结合和 TUNEL 测定以评估 MM 细胞凋亡。甲基转移酶活性测定和斑点印迹用于获取甲基转移酶样 7A (METTL7A) 的 m 6 A 甲基化活性。进行了 RIP、MeRIP-seq 和 RNA-蛋白质下拉，以评估长非编码 RNA (LncRNA) 和 RNA 结合蛋白之间的相互作用。zeste 同源物 2 (EZH2) 敲除小鼠和 MM 异种移植小鼠的脂肪细胞特异性增强剂用于评估体内 MM 治疗反应。
结果：
从MM患者脂肪细胞中收集的外泌体保护MM细胞免受化疗诱导的细胞凋亡。特别是两个lncRNAs，LOC606724和SNHG1，在暴露于脂肪细胞外泌体后在MM细胞中显著上调。MM细胞中lncRNA水平升高与患者较差预后呈正相关，表明它们在MM中具有临床相关性。脂肪细胞外泌体LOC606724或SNHG1在抑制MM细胞凋亡中的功能作用取决于其在脂肪细胞的敲低或MM细胞的过表达。本研究发现了LncRNAs和RNA结合蛋白之间的相互作用，并将甲基转移酶，如7A（METTL7A）鉴定为一种RNA甲基转移酶。MM细胞通过METTL7A介导的LncRNA m6A甲基化促进LncRNA包裹进入脂肪细胞外泌体。脂肪细胞暴露于MM细胞可通过EZH2介导的蛋白质甲基化增强m6A甲基化中的METTL7A活性。
结论：
1.脂肪细胞来源的外泌体保护MM细胞免受化疗诱导的凋亡。
2.MMAD分泌的外泌体对诱导 MM 耐药具有更多作用。
3.来自脂肪细胞外泌体的 LncRNA 与 MM 耐药性之间存在潜在关联。
4.MM细胞增强LncRNA富集到脂肪细胞外泌体中.
5.METTL7A介导LncRNAs中的RNA m6A甲基化.
6.MM细胞通过EZH2介导的蛋白质甲基化增强脂肪细胞中的METTL7A活性.
7.EZH2 的消耗降低了脂肪细胞外泌体 LncRNA 水平，并提高了硼替佐米在 MM 小鼠模型中的治疗效果.
