数据挖掘已经进入了单细胞时代!
但是目前绝大部分小伙伴对单细胞的理解还停留在凑图上面,比如一个文章:《Comprehensive analysis reveals a prognostic and therapeutic biomarker CD3D in the breast carcinoma microenvironment》,链接:Biosci Rep (2021) , https://doi.org/10.1042/BSR20202898
文章前面的大篇幅都是 ESTIMATE 和GSEA,以及 PPI这些老生常谈的数据挖掘,唯独最后一张图有一点点单细胞数据分析,但是确实是我见过的最搞笑的凑图。
确实算是单细胞公共数据集挖掘,其处理的是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE118389,该数据集是6个TNBC病人的一千五百个左右的单细胞。
单细胞图表及其分析步骤,如下所示:
CD3D是T细胞这样的单细胞亚群标记基因
如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助,让你茅塞顿开,或者说你的课题大量使用我的技能,烦请日后在发表自己的成果的时候,加上一个简短的致谢,如下所示:
代码语言:javascript复制We thank Dr.Jianming Zeng(University of Macau), and all the members of his bioinformatics team, biotrainee, for generously sharing their experience and codes.
十年后我环游世界各地的高校以及科研院所(当然包括中国大陆)的时候,如果有这样的情谊,我会优先见你。