第一次接触蛋白质结构预测，记录一下笔记。
1 基础概念学习
好的学习视频推荐：
- https://www.youtube.com/watch?v=u49k72rUdyc
1.1 Drug Targets
- 药物靶点
Drug targets是蛋白质
蛋白质是大型生物分子，由很多的氨基酸amino acids组成
蛋白质结构的要素有螺旋（helic），折叠sheet和无规则卷曲loop
可以把蛋白质想象成一个大型的球状结构，上面有很多的凹槽（grooves）什么是结合部位（Binding Site）？
[它们可能有一个埋藏的结合位点，这有利于药物的可药用性,可以找到或设计一个小的药物分子来填充这个结合位点.药物比蛋白质小。配体越适合蛋白质结合位点，药物的效力就越强。我们经常谈论“锁中的钥匙”图像来解释配体-蛋白质结合]
1.2 Molecular interactions
- 分子相互作用
当我们考虑药物和蛋白质的相互作用的时候，我们其实在考虑分子层面的相互作用
下面是视频的翻译，看视频会好理解一些。
- 比方说，hydrogen bonds让分子紧紧的连接到蛋白质上，疏水性配体原子中的疏水性蛋白质原子群也是如此.疏水封闭的氢键也加强了末端与蛋白质的结合.其他吸引配体到蛋白质的特殊相互作用包括配体和蛋白质的芳香基团之间的π阳离子和π-π堆积相互作用。
- 强效配体也紧密地结合在结合位点内，同时避免与蛋白质发生冲突（空间冲突）
- 氢键被疏水残基包围
