痛点
翻了翻日记，发现我第一次使用 Zotero 文献管理器的时间，是 2008 年 12 月 19 日。这中间曾经因为论文写作需要处理中文文献等原因，若干次切换过其他的文献管理器，包括 NoteExpress 和 Mendeley 等。几经波折，最终 Zotero 成为了我长期使用的文献管理工具。
在学术界，Zotero 早已成为了广受欢迎的文献管理器。Roam Research 插件 ZoteroRoam 的一经发布，就令学者们欢呼雀跃。Heptabase 的用户 On borading 访谈里，开发者 Alan 一听对方是研究生 / 教授，第一句话就是「不好意思，我们目前还没能支持 Zotero」，以便节省双方沟通的时间。
Zotero 一出现，就解决了论文写作者的诸多痛点。例如支持多种文献库，在其中都可以一键抓取元信息等。后来还不断进化，可以云解析 PDF 文件元数据，省去了很多繁琐的人工录入与校对操作。
然而， Zotero 的可用场景和链接粒度，一直不能满足我的需求。
移动互联时代，人们更多时候采用移动设备办公。利用好零碎时间读文献，是个刚需，可惜长期以来，Zotero 一直缺乏移动端 App 。我曾经在 iPad 上面使用 PaperShip 暂且将就，但是试用效果很糟糕。使用其他移动端 PDF 阅读器阅读，还要考虑和 Zotero 的整合同步。前些日子因为发现 LiquidText 支持了 Zotero 整合，我还着实兴奋了一回。
更为重要的，是论文阅读往往需要面向输出做准备，我们时刻都需要保留引文和批注的来源和上下文线索。Zotero 里可以保留 PDF 文件，并且进行高亮批注。只是 Zotero 支持的线索粒度，非常粗糙，只能到文献这一层级。对于2-3页纸的短论文，这还可以忍受。但是如果文献是一本书，或者是动辄数百页的毕业论文或长篇报告，那定位到精准的上下文就显得非常重要。
这样一来，不管你用什么笔记工具，都得一方面用深度链接（例如 MarginNote, LiquidText 和 Hook 赋能后的 Skim 等）去指向 PDF 中的精确位置，另一方面，却又时刻不能忘记得把与之相关的 Zotero 文献标记一起记录。否则将来想引用的时候，还得重复找寻折腾。两方面的操作，都随时牵扯，工作流程支离破碎，令我这种懒人很是烦恼。
Zotero 也尝试过用插件系统（例如 Zotfile 等）来解决部分问题。但是除了 Better BibTex 之外，几乎所有的插件都被我从 Zotero 移除了出去。无他，不好用。
这几天，Zotero 6.0 发布了。这个消息，让人兴奋不已。
这个版本，Zotero 从一款文献管理工具，变成了知识管理与综合工具。它现在的功能，覆盖了文献移动阅读、笔记内容综合，以及通用文本格式与其他工具深度整合能力。我的上述痛点，几乎都在这个版本里面得到了解决。
下面咱们针对最令人兴奋的几大亮点，一一来讲讲。
移动
首先，是 Zotero 终于有了移动版。目前提供的，包括 iOS 和 iPadOS 版本。你可以直接在 App Store 下载。
Zotero 刚进行 iOS 版本 Test Flight 测试的时候，我就参与了。但是当时使用体验着实不佳，这个测试版就被我扔在一边了。但是这次，我发现正式版迭代完成度非常高。当真「士别三日，当刮目相看」。
为了节省空间，移动版 Zotero 默认只同步元数据，不包含 PDF 文档。需要的时候，你在对应文献条目点选一下，对应的 PDF 就自行下载同步了。
如果你用过 iPad 上其他的主流 PDF 阅读器，第一眼并不会对 Zotero iPadOS 版本有什么深刻印象。看似平平无奇，不过就是个基本款的 PDF 阅读与批注工具。
但是，对于做学术研究的人员来说，这个简单的界面覆盖了大部分每天必用的功能。
这些最基本的功能包括：
- 文本高亮；
- 注释添加；
- 图片选择；
- 自由手绘
咱们一一看看。
先看文本高亮。
你可以换用不同的颜色进行高亮。高亮之后的文本，算作是原文的直接引用。
后一个按钮是注释添加。
你在阅读 PDF 论文的时候，灵光乍现，会在某些页面留下这样的痕迹。当然，对于高亮文本，也可以点击添加注释。
再来是图片（区域）选择。
终于，Zotero 也可以把图像直接加入笔记了。你不仅可以把图片截取出来使用，也可以框定公式。但请注意，公式只能作为图片来保存。你是不是期望着画一个框，里面的公式就自动识别成 LaTeX ？目前还不成。
下面是移动版的特色功能 —— 自由手绘。其实我读论文的时候最爱做的，就是留下类似这种「到此一游」的随意批注。回头再进行细致整理。
上述的标注结果，都可以在左侧边栏汇总。而且，点击标注，你可以跳转到对应的边栏位置。
反之，点击左侧边栏上的某张缩略图，也可以跳转到对应的标注上。
所有在移动设备 Zotero 上的标注，都可以实时云同步到桌面端。
后续的加工操作，我建议你都放在桌面端进行。因为桌面版相关功能更完善。
默认状态下，你的标注只是跟随着某篇文献。下面是重要的一步——你可以选择把它们都放置到笔记中去。
这个初始笔记，其实对应了「卡片笔记写作法」里面提到的「文献笔记」（Literature Notes）。但是这不是它的完成态。你可以进一步加工，把它变成「长期笔记」（Permanent Notes）。
点击笔记，选择显示位置，可以立即跳转到 PDF 对应位置，查看上下文。
综合
单篇文献的笔记，用处有限。梳理文献的时候，你需要多篇文献来构成背景和知识地图。Zotero 6.0 中的笔记，并不限定只包含某一篇论文的内容。你可以随时添加其他论文的标记和批注进来。
当你打开其他文献时，原来的笔记框还在那里，等待你去填充。
我们给这篇文献高亮部分文字，添加批注，然后可以直接拖动到笔记编辑器的指定位置。
笔记来源于多篇文献。每一个个段落，都可以显示原始出处，并且方便地跳转到精确的上下文。这样一来，你就可以把多篇笔记中的文本、图片和自己的思考熔于一炉，进行综合了。
如果你觉得笔记编辑窗口有些小，还可以将其开启为一个独立的窗口。这样用起来就方便多了。
这个独立的笔记编辑器，目前基本功能齐备。你可以调整文字的大纲级别和字体。
还可以选用不同颜色，高亮笔记文本。
支持全文检索，帮助你精准定位某个关键词。
甚至你还可以通过搜索文献库的方式，再度添加其他文献的引用。
在笔记编辑功能的辅助下，你可以把来自多篇文献的「文献笔记」通过综合，形成你的「长期笔记」了。长期笔记是你后面论文写作的「预制件」。有了它，你后续的论文写作，就从「痛苦码字」，变成「轻松拼图」，从而达到「写在写先」（Writing before Writings）的目标。
输出
为了方便科研人员的写作，Zotero 笔记提供了多种输出方式。第一种是直接输出到文字处理器（例如 Word），形成可以提交的文稿。
在 word 里面新建文档，你可以直接选择导入笔记。导入的时候，需要指定参考文献的格式。咱们这里以国标 GBT7714-2015 为例，选定之后文献的引用为上标形式。
对来源文献的文字引用（直引）会带引号，方便你识别，避免后面写作的时候不小心过度引用。你自己的批注和笔记，以及摘取的图片等都一应俱全，而且所有引用的出处都有保留。
你可以继续导入其他笔记，或者在当前笔记上修改内容。定稿之后，可以一键把参考文献列表加到文后。
不过，你会看到参考文献列表中部分内容有问题。可能因为选择了中文的缘故，一些英文文献中本来应该出现的 “,et al.” 变成了中文的「等」，还有「卷」其实应该做 "vol" 。希望将来 Zotero 可以自动识别和处理这些小瑕疵。幸好这些都属于细枝末节，你后续可以根据需要，统一进行调整替换。
除了 Microsoft Word 以外，Zotero 还可以支持 Libre Office 等文字处理器，具体使用方法可以参考 这里。
如果你跟我一样，更喜欢使用 Markdown 而不是 Word 写文章，那么这次 Zotero 6.0 的升级会让你更开心 —— 笔记可以直接输出成为 Markdown 格式。
在文本编辑器里（此处为 Visual Studio Code）打开输出后 Markdown 文件，是这样的。
看起来不太直观嘛。没关系，我们把它贴到 Heptabase 里面看看。
直接引用和截取图片的后面，除了有到文献的链接，还有直达 PDF 精准位置的深度链接，我们点开看看。
这样，你就可以把 Markdown 融入各种笔记工具，例如 Heptabase, Roam Research 或者 Zettlr 中，在第二大脑进行深度加工。而且这种迁移后的结果，不仅可以保持格式简洁一致，还能随时跳转到笔记来源上下文，使用起来非常流畅。
小结
本文为你介绍了 Zotero 6.0 的主要功能。这次的大版本更新，让你可以随时进行文献的阅读、标注，所有的客户端实时云端同步，再也不必担心这些高亮和标注被忽视和丢弃。你可以进行跨越文献的综合加工，快捷输出为文章成品，也可以把知识萃取和思考结果，融入到「卡片笔记写作法」的工作流程中。
我想说，Zotero，这次你干得漂亮！
除此之外，这个版本还有很多的功能细节改进。篇幅所限，这里就不一一展开了。你可以 点击阅读官方的说明，查看更为完整的介绍。
Zotero 后续还有很多可以完善的地方，例如编辑器字号调整功能等。相信随着时间的推移，开发团队会不断迭代，满足学术用户的这些需求。
