Linux命令中有一些常用符号,看到时不一定好查询它们的功能和含义,这里列举一些常见的符号和解释,欢迎大家补充完善。
|
: 管道符,在两个相邻命令之间传递数据;如ls | head
把ls
命令的输出传给head
命令,只显示前10个文件/文件夹。
*
: 通配符,通常用于匹配任意字符串,如ls *.fq.gz
匹配当前目录下所有后缀为.fq.gz
的文件,前缀可以是任何字符。
~
: 波浪线,指代家目录。键盘左上角ESC
下的按键,配合Shift
输入。
.
: 通常指代当前目录,如./run.sh
运行当前目录下的run.sh
脚本;multiqc -d . -o multiqc
对当前目录下的文件执行multiqc
汇总。
../
: 表示上一层目录。
>
: 输出重定向。ls > filename
把ls
的输出结果写入文件filename
。
<
: 输入重定向。paste <(ls *_1.fq.gz) <(ls *_2.fq.gz)
把两个ls
命令的输出传递给paste
作为其输入。
^
: 用于正则表达式中表示以什么开头。grep '^>' test.fa
获得所有>
开头的行,也就是FASTA文件的名字行。sed 's/^>//g'
替换开头的>
为空,第一个和第二个/
之间的为被替换的内容,第二个和第三个/
之间的为要被替换成的内容。
注意:grep '>' file
和grep > file
的区别。可以看看朴实无华的4条致命命令!还有什么。
`
: 反引号,键盘左上角ESC
下的按键。`ls`
表示运行ls
命令并捕获其输出。
$(ls)
: 等同于`ls`,
表示运行ls
命令并捕获其输出。与把命令括在反引号中基本相似,但更推荐使用。新学习时可直接使用此种方式。
;
: 多条语句写在一行需要加分号分割。如 for samp in `tail -n 2 sampleFile | cut -f 1`; do ${samp}_related_things; done
用分号分割开3个语句。循环 `tail -n 2 sampleFile | cut -f 1`
的输出并进行一系列样品相关的操作。
t
: TAB键
n
: 换行
或{}: 用于获取变量的值。如上面的{samp}。加和不加{}的通常无区别,但在一些情况会导致变量名字识别出错。如{samp}_related_things表示获取变量samp的值,而
r
或^M
: 回车符; ^M
的输入方式是Ctrl v;Ctrl m
; 通常windows
下的文件拷贝到linux
系统上,需要执行sed -i s/r//g file
去掉末尾的回车符。
awk中的0, 1: 0表示整行,1表示当前行第一列,
''
与""
:单引号和双引号通常混用,但双引号中的变量可以获取其值。
&
: 把程序放到后台运行
\: 通常是转义符,把特殊变量转义为普通字符,如{HOME}表示获取家目录,{HOME}就是一个字符串
a="a value"
: 等号用于bash中变量赋值时,前后都不能有空格。
<<
: 表示读入数据