导语
GUIDE ╲
chromoMap可以进行染色体或染色体区域的可视化。
背景介绍
chromoMap可以进行染色体或染色体区域的可视化，允许用户将染色体特征（如基因、SNP等）映射到染色体上并可视化与特征相关的数据（如多组学数据）。每个染色体都由基因组窗口（代表基于染色体长度确定的特定范围）组成，并且可以交互式查看，在悬停时，可以展示有关该基因座范围内注释的详细信息。
R包安装
代码语言：javascript复制install.packages("chromoMap")可视化分析
01
输入的数据格式
chromoMap 根据作为输入提供的坐标信息来构建染色体。
输入数据是制表符分隔的文本文件（类似于 BED 文件格式）。输入文件不需要有列名。
染色体文件包含染色体的坐标。该文件的列（按顺序）如下（除非指定为可选列，否则所有列都是必需的）：
chromosome name：代表染色体名称的字符，如“chr1”或“1”或“ch1”
chromosome start：指定染色体（或染色体区域）开始位置的数值。如果绘制整个染色体，则该值通常为1。
chromsome end：指定末端位置的数值。如果绘制整个染色体，这个值就是染色体的长度。
centromere start（可选）：如果提供其起始坐标，将自动添加着丝粒。
注释文件
注释可以是任何具有坐标的东西，如基因、SNPs 等，以及相关数据，如基因表达、甲基化等。注释数据也以相同的格式提供。
Element Name：指定（唯一）元素的字符。这可以是标识符、符号等。
Chromosome Name：指定染色体名称的字符。染色体名称应在染色体和数据文件中保持一致。
Element Start：指定元素开始位置的数字。
Element End：指定元素结束位置的数字。
Data（可选）：指定数据值的数字或字符。
Secondary Data（可选）：指定数据值的向量。用于多因子散点图。
Hyperlinks（可选）：指定元素 URL 的字符。
02
绘图
数据展示
代码语言：javascript复制head(read.table(chr_file_1,sep = "t"))#染色体文件
#> V1 V2 V3
#> 1 chr1 1 1000
#> 2 chr2 1 700
head(read.table(chr_file_2,sep = "t"))#带着丝粒的染色体文件
#> V1 V2 V3 V4
#> 1 chr1 1 1000 500
#> 2 chr2 1 700 450
head(read.table(anno_file_1,sep = "t"))#注释文件1
#> V1 V2 V3 V4 V5
#> 1 An1 chr1 558 560 10
#> 2 An2 chr2 396 398 34
#> 3 An3 chr2 281 283 89
#> 4 An4 chr1 125 127 56
#> 5 An5 chr2 406 408 100
#> 6 An6 chr2 340 342 91
head(read.table(anno_file_2,sep = "t"))#注释文件2
#> V1 V2 V3 V4 V5
#> 1 An1 chr1 558 560 -64
#> 2 An2 chr2 396 398 29
#> 3 An3 chr2 281 283 -137
#> 4 An4 chr1 125 127 -129
#> 5 An5 chr2 406 408 -18
#> 6 An6 chr2 340 342 149可以使用以下命令创建简单的注释图：
代码语言：javascript复制library(chromoMap)
chromoMap(chr_file_1,anno_file_1)
带着丝粒的图是这样的
代码语言：javascript复制chromoMap(chr_file_2,anno_file_1)
多倍体
从生物学上讲，染色体是成组出现的，通过ploidy参数设置组数。
代码语言：javascript复制chromoMap(c(chr_file_1,chr_file_1),c(anno_file_1,anno_file_2),
ploidy = 2)
注释颜色设置
如果注释有几类，为每个类分配不同的颜色。注释文件的数据列应该具有分配给每个元素的组作为字符值。
代码语言：javascript复制chromoMap("chromosome_file.txt","annotation_file.txt",
data_based_color_map = T,
data_type = "categorical",
data_colors = list(c("orange","yellow")))
chromoMap-HeatMaps
染色体热图，将特征相关的数字数据可视化为热色。注释文件中，在数据列中添加数字数据（用于连续数据）。
代码语言：javascript复制chromoMap(chr_file_1,anno_file_2,
data_based_color_map = T,
data_type = "numeric")
chromoMap条形图
chromoMap-Bar plot 可用于将带注释的数据可视化为条形图。需要使用 plots 参数来指定希望可视化的数据图表的类型，这里用“bar”。
代码语言：javascript复制chromoMap(chr_file_1,anno_file_1,
data_based_color_map = T,
data_type = "numeric",
plots = "bar")
也可以用“scatter”画散点图
代码语言：javascript复制chromoMap(chr_file_1,anno_file_2,
data_based_color_map = T,
data_type = "numeric",
plots = "scatter")
chromLinks 绘图
chromLinks 图可用于可视化任何两个特征或窗口之间的连接。这两个特征可以位于同一染色体上，也可以位于不同染色体上。
链接数据需要作为 data.frame 单独传递，其中每一行表示两个特征之间的连接，数据格式为：
第 1 列：第一个特征的名称（用于注释数据）[类型：字符]
第 2 列：第一个特征的倍性。[类型：数字]
第 3 列：第二个特征的名称 [类型：字符]
第 4 列：第二个特征的倍性。[类型：数字]
第 5 列（可选）：链接的关联数据 [类型：数字或字符]
代码语言：javascript复制head(link_data)
#> V1 V2 V3 V4 V5
#> 1 An58 1 An194 1 100
#> 2 An98 1 An122 1 97
#> 3 An113 1 An132 1 95
#> 4 An119 1 An124 1 90
#> 5 An70 1 An120 1 80
#> 6 An105 1 An13 1 85chromoMap(chr_file, anno_file,
# main arguments
show.links = T,
loci_links = link_data[,c(1:4)],
links.colors = "red2",
#plot adjustments
ch_gap = 50,
y_chr_scale = 100,
top_margin = 100,
)
将颜色编码数据作为第五列，示意不同连接。
代码语言：javascript复制chromoMap(chr_file, anno_file,
# main arguments
show.links = T,
loci_links = link_data,
links.colors = c("red2","blue2"),
#plot adjustments
ch_gap = 50,
y_chr_scale = 100,
top_margin = 100,
links.lg_y = 300
)
加入网格线突出展示
代码语言：javascript复制chromoMap(c(chr_file_1,chr_file_1),c(anno_file_1,anno_file_2),
ploidy = 2
data_based_color_map = T,
data_type = "numeric",
plots = c("bar","scatter"),
plot_height = 40,
plot_color = c("green","red"),
ref_line = T,
refl_pos = 20,
#网格线设置，设置断点
vertical_grid = T,
grid_array = c(1,54,100,420,621))
小编总结
chromoMap在诸多染色体可视化工具中是非常美观的一种，主函数都相同，只需要在内部进行参数选择，所以画图也非常的方便，并且由于交互式的设计，我们可以直观的看到不同位置的注释信息！
END
