正如之前介绍的一样，plot绘图包括scatter, line, histogram, heatmap等绘图模式。今天小编从scatter散点图开始介绍plot的绘图内容。
首先大家来看看具体block图：
从图中可以很明显的看到这个”<plots> </plots>”来定义 block，这与其他的绘图block定义是相似的，只不过是换关键词而已，并且plot中通过“type”可以定义绘图模式。在这个block中会有一个或多个<plot> </plot>”来声明每个plot的模式类型（type）、位置（r0,r1）、填充颜色(color)的信息。
（1） show是plot是否绘制的设置。
（2） type是绘制类型的选择，包括scatter, line, histogram, heatmap等。
（3） file是展示的位置区段文件，第四列可以是SNP、Indel、GC含量以及比对read数量或密度，格式如图:
（4）r1代表环形外圈的值。
（5）r0代表环形内圈的值。
（6）max代表绘制散点的最大值，超过最大值将不会绘制出来。
（7）min代表绘制散点的最小值，同样的低于最小值也不会绘制出来。
（8）glyph代表绘制点的类型，包括 circle,rectangle 和 triangle三种。
（9）glyph_size代表绘制点的大小。
（10）color代表图形内部区域填充的颜色。
（11）stroke_color代表图形边框的颜色。
（12）stroke_thickness代表图形边框的粗细。
此外，在plot block中还可以插入不同的backgroud，axis和rule等block来控制背景、坐标轴和显示图形的规则。
三个block具体如下图：
backgrounds 定义环形区域的背景色，每个区域是由y0和y1来定义。由于scatter中可以设置min和max,因此背景色的区域划分需要根据min，max，y0和y1这四个值得大小来进行划分。具体解释如下：
代码语言：javascript复制<backgrounds>
<background>#最外圈背景区域，没有定义y1,因此y1为max或数据最大值，颜色为vvlgreen
color = vvlgreen
y0 = 0.006
</background>
<background>#次外圈背景区域，定义了y0和y1,区域为0.002~0.006,颜色为vlgrey
color = vlgrey
y1 = 0.006
y0 = 0.002
</background>
<background>#最内的背景区域，没有定义y0,因此y0为min或数据最小值，区域为min~0.002，颜色为vvlred
color = vvlred
y1 = 0.002
</background>
</backgrounds>axis 定义了Y轴的刻度，同背景一样，有y0和y1来定义区域，spacing来定义刻度间隔。color定义颜色,thickness来定义刻度粗细。如下代码所示：
代码语言：javascript复制<axes>
<axis>
color = lgreen
thickness = 1
spacing = 0.05r
y0 = 0.006
</axis>
<axis>
color = dgreen
thickness = 2
spacing = 0.1r
y0 = 0.006
</axis>
<axis>
color = lgrey
thickness = 1
spacing = 0.05r
y1 = 0.006
y0 = 0.002
</axis>
<axis>
color = dgrey
thickness = 2
spacing = 0.1r
y1 = 0.006
y0 = 0.002
</axis>
<axis>
color = lred
thickness = 1
spacing = 0.05r
y1 = 0.002
</axis>
<axis>
color = dred
thickness = 2
spacing = 0.1r
y1 = 0.002
</axis>
</axes>上述代码定义了三个区域：
最外圈0.006~max或数据最大值，定义了两种刻度线，一种是0.1r,颜色为dgreen,粗细为2；另一种为0.05r,颜色为lgreen,粗细为1。
次外圈为0.002~0.006，定义了两种刻度，一种是0.1r,颜色为dgrey,粗细为2；另一种为0.05r,颜色为lgrey,粗细为1。
最内圈数据最小值或min~0.002，定义了两种刻度，一种是0.1r,颜色为dred,粗细为2；另一种为0.05r,颜色为lred,粗细为1。
rule代表规则模块，同其他模块一样也是由多个rule构成；在每个rule中，conditioon设置规则，满足规则的往下继续执行。如下代码所示：
代码语言：javascript复制<rules>
<rule>
condition = var(value) > 0.006
stroke_color = dgreen
fill_color = green
glyph = rectangle
glyph_size = 8
</rule>
<rule>
condition = var(value) < 0.002
stroke_color = dred
fill_color = red
glyph = triangle
</rule>
</rules>整体来看设置了两个rule block，分别是var(value) > 0.006和var(value) < 0.002，满足规则的分别进行stroke_color，fill_color，glyph等设置。
最终展现的scatter图如下：
今天的scatter 图绘制是不是也挺简单的呢？在了解了circos绘图的思想后这些block的理解还是挺容易的，不过还是需要调整设置练习一下最好，那样会记忆更加深刻。
