circos对于小伙伴们应该都不会陌生，现在应用场景非常的广泛。小编在工作的时候也为了做出惊艳的circos曾大伤脑筋。为了能够让小伙伴们不再做重复性的基础工作，小编系统的整理分享perlcircos 的安装、配置和使用。perl 版本的circos 是Martin Krzywinski在2009年发表在Genome Research 上的一篇题为“Circos: An information aesthetic for comparative genomics”开发的软件。从发表到今天（2019/05/03）引用次数竟高达4296次。很多作图都是非常好看，甚至让人惊艳的。下边小编从官网转过来一些，请大家鉴赏。
看过后是否很想自己试一试呢？那么从今天开始我将详细的来分享circos。一步步和我学习起来吧！
circos 是perl语言编写的，没有perl编程基础的小伙伴也不用担心难学，这个circos软件包安装、文件配置以及使用都不复杂。只要你想学相信不久后大家都可以画出惊艳的circos图。
今天给大家详细说说安装和调试。
（一）安装前先检查下系统是否安装了perl。
在终端输入perl --version，如果出现：
证明系统中已经安装了perl。一般Linux系统会有安装好的perl,即便没有安装,安装起来也不复杂，在这里不另行赘述，另外安装circos之前要安装CPAN，因为这个是perl 模块的库，当然了circos 依赖的模块基本也在其中，安装CPAN方便安装perl 的模块。
（二）CPAN 安装。
（1）检查是否安装。
终端输入：rpm -q perl-CPAN
如果安装成功终端会显示：
perl-CPAN-1.9402-116.fc13.i686
如果没安装终端会显示：
package perl-CPAN is not installed
（2）CPAN安装。
终端输入： yum install perl-CPAN
（3）再次核查是否安装：
终端输入：rpm -q perl-CPAN
终端显示：perl-CPAN-1.9800-292.el7.noarch
CPAN安装成功
（三）circos的安装。
（1）打开circos官网shttp://circos.ca/ 。
（2）点击DOWNLOAD。
（3）进入下载页面后，下载最新版本即可。
1、直接下载后上传至终端，如“/opt/circos/”路径下；
2、或使用命令行 wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz 在“/opt/circos/”下下载；
（4）下载完成后在，“/opt/circos/”路径在对压缩文件进行解压缩。
tar -xzvf circos-0.69-6.tgz
（5）解压缩完成后进入到circos的bin目录下。
cd /opt/circos/circos-0.69-6/bin
（6）查看circos运行所必须的模块。
circos -modules
（7）屏幕出现下图中的内容：
图中红框框起来的“missing”是提示circos 缺少的Perl模块，需要安装通过CPAN来安装。
(8) CPAN安装circos模块：
1、在终端输入安装模块：
perl -MCPAN -e shell
2、在终端直接输入命令：
perl -MCPAN -e “SVG”
将所有需要的Perl模块安装成功后再次check，屏幕输入circos -modules后显示如下：
这时显示circos需要用到的perl模块已经全部安装完成，可以使用circos（注：有些circos 依赖的模块在CPAN中也没有安装成功，需要自己下载相应模块安装。本文安装使用的是管理员权限）。
模块安装成功后，让我们测试一下吧!
进入“/opt/circos/circos-0.69-6/example”路径下：
cd /opt/circos/circos-0.69-6/example
进入后运行命令：
/opt/circos/circos-0.69-6/bin/circos -conf etc/circos.conf -debug_group summary,timer > run.out
炫酷的图片出来了，意味着circos已经安装成功了。好了，今天的circos安装到此已经结束，敬请期待下期的配置文件分享。
