今天，我们继续来梳理一下“利用转录组数据来解析免疫微环境”的套路。今天的这篇文章选自于
Mandal R, Şenbabaoğlu Y, Desrichard A, et al. The head and neck cancer immune landscape and its immunotherapeutic implications[J]. JCI insight, 2016, 1(17).
思路导图（建议横向观看）：
数据来源：作者从TCGA中下载了280例头颈鳞癌（HNSSC）的转录组数据。
一． 刻画头颈鳞癌的免疫微环境全景
1. 基于转录组数据计算肿瘤免疫细胞浸润的组分和比例，将患者分组：“Immne High”和“Immune Low“。
2. 通过免疫产物或效应子的表达，来验证免疫细胞浸润和免疫活性水平相关
验证指标：激活的T细胞释放分子（granzymes and perforin表达）；cytolytic score；IFN-r信号通路富集；CD8 /Treg ratio；
二． 免疫浸润与临床特征的关联
吸烟与免疫浸润
1）吸烟signature与免疫活性负相关
基于突变特征预测出吸烟所占的贡献比重，该比重与T细胞浸润、免疫浸润、INF-r信号通路均负相关，说明吸烟与局部的免疫抑制相关。
2）吸烟signature与Tumour Mutation Burden (TMB)正相关
吸烟相关的突变形成，会有更高的TMB。
HPV状态与免疫浸润
1） 免疫浸润水平：HPV 患者比HPV-有更高的T细胞浸润，更高的免疫细胞浸润。
2）免疫活性水平：HPV 患者有更高的活性免疫表达(perforin, granzyme A, granzyme B, cytolytic score)。
3） 免疫调节水平：HPV 患者有更高PD-L1, CTLA-4, KIR表达。
三． 泛癌种的免疫landscape分析
1）泛癌种的免疫浸润分布
在TCGA数据中，选取10个免疫浸润和免疫活性最高的癌种。将HNSCC（HPV ），HNSCC（HPV-）与其它癌种的免疫浸润得分比较。
2） 泛癌种的Treg浸润、Treg/CD8 T比例，CD56dim NK细胞浸润的分布。
发现：HPV 的肿瘤，有更高的免疫细胞浸润和更高的免疫调节抑制。
四．免疫浸润对HNSCC预后的提示
1.免疫浸润分层vs患者的预后，肿瘤免疫浸润更高的的患者有更高的OS。
2.不同的免疫细胞亚群 vs 生存
1）参与宿主适应性免疫应答的免疫亚群浸润（如T cell），有更好的生存。
2）而参与固有免疫应答的会有较差的生存（如Th2）。
