不能出门的日子，除了吃吃睡睡，你还能做什么呢？快快趁着这个机会好好修炼啊。
我们先来认识一下GSEA。GSEA（Gene Set Enrichment Analysis，基因集富集分析）是一个计算方法，用来确定某个基因集在两个生物学状态中（疾病正常组，或者处理1和处理2等）是否具有显著的一致性差异。一般通过网站下载安装后使用（https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp）。
但是！！！你有没有遇到过这种情况呢？
试一试这个R包吧。iGSEA（Integrative Gene Set Enrichment Analysis Approaches；v1.2，2017-05-07）就是基于GSEA方法整合多个GSEA研究结果的一个混合策略。它提供三种方法：基于固定效应模型的iGSEA-FE，基于随机效应模型的iGSEA-RE，以及用于整合多个基因集富集研究的iGSEA-AT。适用于分类表型和连续表型。最终结果为基因集FDR校正后的显著性Q值。
下面我们就来认识一下它。
代码语言：javascript复制##安装并导入
install.packages(“iGSEA”)
library(iGSEA)
##查看帮助
??iGSEA##主要功能函数igsea.test的几个参数，其他几个参数默认即可。
gel：基因表达水平的数值矩阵（行-基因，列-样本）。
pheno：表型的数值向量。
ssize：每个研究中样本数量的数值向量。
gind：基因是否包括在研究中的0-1矩阵（1-包含，行-基因，列-研究）。
gsind ：基因是否包括在基因集中的0-1矩阵（1-包含，行-基因，列-基因集）。
vtype：表型类型，“binary”或“continuous”。
我们来看看表达样本和样本标签文件格式。
1.特定基因集在两个生物学状态中是否具有显著的一致性差异
代码语言：javascript复制set.seed(1234)
expr=read.table("expr.txt",as.is=T,header=T,sep="t",row.names=1) #48样本，50基因
expr=as.matrix(expr)
condition=read.table("condition.txt",as.is=T,header=T,sep="t",row.names=1) #48样本标签，1-病，0-常
sampleNum=c(24,24) #病常样本数
geneInSample=matrix(rep(1, 50*2), 50) #两种状态都包含所有基因
##注意每个基因应该至少包含在一种状态中
geneInSet=matrix(0, 50, 1);geneInSet[1:20, 1]=1 #包含在特定基因集中的基因设置为1
igsea.test(expr,condition[,],sampleNum,geneInSample,geneInSet) #输出显著性Q值，一般认为FDR<0.05为显著差异。如果有一种状态不包含所有基因，
代码语言：javascript复制geneInSample=matrix(rep(1, 50*2), 50);geneInSample[7:15,1]=0 #某种状态不包含所有基因
igsea.test(expr,condition[,],sampleNum,geneInSample,geneInSet)
结果显示某个基因集在癌常对照中具有显著的一致性差异。
2.一次可输入多个基因集
代码语言：javascript复制set.seed(1234)
expr=read.table("expr.txt",as.is=T,header=T,sep="t",row.names=1) #48样本，50基因
expr=as.matrix(expr)
condition=rep(c(1,0,1,0),c(10,10,17,11)) #48样本标签（设置10病，10常，17病，11常）
sampleNum=c(10,10,17,11) #病常样本数
geneInSample=matrix(rep(1, 50*4), 50) #四种状态都包含所有基因
geneInSet=matrix(0, 50, 2) #两个特定基因集
geneInSet[1:20, 1]=1 #包含在特定基因集1中的基因，第一列设置为1
geneInSet[38:47, 2]=1 #包含在特定基因集2中的基因，第二列设置为1
igsea.test(expr,condition,sampleNum,geneInSample,geneInSet) 
得到两个基因集的一致性显著Q值。
小编总结
GSEA网站打不开或者不方便Download应用程序，又或者我只想看看我的基因集在癌常状态中是否显著差异，那你可要试试今天的iGSEA。只要输入你的表达样本，敲两行代码就可以得到基因集的一致性显著Q值，是不是很方便快捷呢？
