systemPipeTools--强化你的数据可视化工具！

导语

GUIDE ╲

systemPipeTools 包扩展了广泛使用的 systemPipeR (SPR)工作流程环境。

背景介绍

systemPipeTools是扩展了systemPipeR包的数据可视化工具包，包括差异表达基因 (DEG) 分析的自动化工具。systemPipeTools 通过散点图、层次聚类热图、主成分分析、多维缩放、广义主成分、t-SNE以及MA和火山图提供数据转换和数据探索功能。由于它集成了多种类型图片的绘制功能，可以让我们只用systemPipeTools就能进行丰富的可视化！

R包安装

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BiocManager::install("systemPipeTools")
BiocManager::install("systemPipeR")
library("systemPipeTools")  # Loads the package
library(help = "systemPipeTools")

可视化展示

导入数据

第一步是导入目标文件和原始reads计数表。

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## 目标文件
targetspath <- system.file("extdata", "targets.txt", package = "systemPipeR")
targets <- read.delim(targetspath, comment = "#")
cmp <- systemPipeR::readComp(file = targetspath, format = "matrix", delim = "-")
## Count计数表
countMatrixPath <- system.file("extdata", "countDFeByg.xls", package = "systemPipeR")
countMatrix <- read.delim(countMatrixPath, row.names = 1)
showDT(countMatrix)

数据转换

对于基因差异表达，需要原始count，但是对于数据可视化或聚类，使用转换的count数据比较好。输入文件必须包含所有基因，而不仅仅是差异表达的基因。

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exploredds <- exploreDDS(countMatrix, targets, cmp = cmp[[1]], preFilter = NULL, 
    transformationMethod = "rlog")
exploredds

实例

层次聚类树状图

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hclustplot(exploredds, method = "spearman")

散点图

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exploreDDSplot(countMatrix, targets, cmp = cmp[[1]], preFilter = NULL, samples = c("M12A", 
    "M12A", "A12A", "A12A"), scattermatrix = TRUE)

分层聚类热图

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heatMaplot(exploredds, clust = "samples", plotly = FALSE)

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## Individuals genes identified in DEG analysis DEG analysis with `systemPipeR`
degseqDF <- systemPipeR::run_DESeq2(countDF = countMatrix, targets = targets, cmp = cmp[[1]], 
    independent = FALSE)
DEG_list <- systemPipeR::filterDEGs(degDF = degseqDF, filter = c(Fold = 2, FDR = 10))

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heatMaplot(exploredds, clust = "ind", DEGlist = unique(as.character(unlist(DEG_list[[1]]))))

PCA

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PCAplot(exploredds, plotly = FALSE)

均线图

此函数绘制 log2 倍数变化（y 轴）与归一化计数的平均值。

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MAplot(degseqDF, comparison = "M12-A12", filter = c(Fold = 1, FDR = 20), genes = "ATCG00280")

tSNE

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tSNEplot(countMatrix, targets, perplexity = 5)

火山图

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volcanoplot(degseqDF, comparison = "M12-A12", filter = c(Fold = 1, FDR = 20), genes = "ATCG00280")

小编总结

systemPipeR可以系统的，重头到尾的分析NGS数据，systemPipeTools包扩展了systemPipeR的功能，提供了丰富的可视化方式，满足我们的各种需求！

数据可视化

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