非root用户,如何借助Anaconda,来安装R语言和R包

2022-03-29 14:31:15 浏览数 (1)

导语

GUIDE ╲

非root用户 如何在conda环境下,实现安装自由?

-------以R语言和R包为例。

背景介绍

之前我们介绍过:非root用户,如何在集群上安装Anaconda的方法,后台的很多小伙伴已经反馈顺利安装。那么今天,小编继续为大家带来进阶版:非root用户,如何借助Anaconda,来安装R语言和R包。

安装步骤

01

Step1.配置conda,添加一些源

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conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

02

Step2.安装特定版本的R语言

以R version为3.6.3为例:

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onda info --envs # 查看环境
conda create -n r #创建名为r的独立运行的环境,这样不会由于不同程序的依赖关系而导致冲突;
source activate r #进入并激活名为r的环境
conda list   #查看当前安装的软件
conda install r-base=3.6.3  #安装R 指定为R版本为3.6.3
conda deactivate # 退出当前环境
conda remove --name r --all #移除r环境

03

Step3.安装R包

Conda安装R包有两种方式(以ggplot2为例):

第一种方式是使用conda命令安装:

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source activate r 
conda install -c r-ggplot2 #R包通常需要以r-开头,以ggplot2为例。需要注意的是conda下面的r包的名称与普通R包的名称不一样,具体名称可以在官网上面查询(http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/)

第二种方式是直接从conda进入到R的交互界面,利用bioconductor或install.packages命令:

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#用bioconductor的方式:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ggplot2")
#用install.packages命令:
install.packages(ggplot2)
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小编总结

非Root权限下,在Anaconda环境中安装R和R包,你学会了吗?还有什么想学习的可以在后台联系小编,给大家安排~!

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