GWAS和GS分析中，都有一个假定：「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL（基因）处于连锁不平衡状态（LD）」，那怎么满足这个条件呢，就需要覆盖全基因组的标记，需要计算群体LD的衰减距离，进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。
公式
举例
现在求出LD衰减距离为1Mb，猪的基因组大小为2458Mb，那么GWAS所需要标记量是多少？
计算方法：1，因为单位都是Mb，所以可以直接计算 2，2458Mb/1Mb = 2458，注意这个单位是个
所以，该群体做GWAS至少需要2458个SNP标记。
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