拯救非肿瘤：m6A+免疫微环境+5分+纯生信思路，你确定不来看看？

2022-04-09 10:56:40 浏览数 (1)

有很多同学看见肿瘤方向做生信数据挖掘发了很多SCI文章，就觉得非肿瘤方向发不了。非肿瘤生信热度虽然不如肿瘤生信，也没有它好发表，原因一则数据集少，二则临床信息不够。

但是！非肿瘤生信也有它的优势，相同的研究套路在肿瘤领域迁移到非肿瘤领域，不失为发SCI的“捷径”，或许可以发到更好的分数。今天小编就和大家分享1篇非肿瘤生信文章。

牙周炎是在牙周支持组织中发生的一种慢性炎症，是由对牙菌斑中细菌的炎症反应引起的。此外，牙周组织的炎症是宿主免疫防御反应与微生物相互作用的结果，牙周炎的发病机制与免疫密切相关。因此联想到牙周炎 免疫 m6A。

文章题为：“m6A调节因子介导的RNA甲基化修饰模式参与牙周炎的免疫微环境调控。”，发表于J Cell Mol Med杂志，影响因子5.310。

Journal of cellular and molecular medicine, 25(7), 3634–3645.

https://doi.org/10.1111/jcmm.16469

一、期刊信息

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二.材料和方法

  1. 从GEO数据库中下在基因表达数据GSE16134，其中包括310例（69个健康样本和241个牙周炎样本）；
  2. 从STRING数据库研究了疾病中23个m6A RNA甲基化调控因子的蛋白相互作用、基于lasso模型筛选特征基因，并利用ROC评估模型；
  3. ssGSEA评估免疫浸润细胞数量和免疫反应活性， 免疫反应基因集来自 ImmPort 数据库；
  4. 无监督聚类分析和功能富集分析；

三.结果

1.健康和牙周炎样本之间的m6A调节因子

  • 23个m6A调节因子之间存在密切相关性；
  • CBLL1和YTHDC2是所有样本和牙周炎样本中表达最相关的m6A调节因子；
  • 正常样本和疾病样本中大部分m6A调控因子在转录水平上存在显著差异。

2.m6A调节因子参与牙周炎进程

  • 单变量逻辑回归分析揭示15种与牙周炎相关的m6A调节因子；
  • 多因素logistic回归分析建立15种m6A RNA甲基化调节因子的识别特征，并计算牙周炎的风险评分；
  • 健康和疾病之间的风险分布，其中牙周炎的风险评分远高于健康样本；
  • 通过ROC曲线分析m6A调节因子对健康和牙周炎样本的辨别能力，并通过AUC值进行评估

3.m6A调节因子与牙周炎的免疫特征相关

  • 对失调的m6A调剂因子与免疫浸润性细胞、免疫反应基因集、HLA基因集，进行相关性分析
  • A.免疫细胞层面：最正相关：ALKBH5-单核细胞，小提琴图表明牙周炎中ALKBH5的表达较高，单核细胞较多；最负相关：FMR1-单核细胞，小提琴图表明牙周炎中FMR1的表达较低。
  • B.免疫反应层面：最正相关：ELAVL1-TNF家族成员受体，小提琴图显示，表明在牙周炎中ELAVL1的表达更高，TNF家族成员受体反应更活跃。最负相关：CBLL1-细胞因子，小提琴图显示，表明在牙周炎中CBLL1表达较高，细胞因子反应较不活跃。

4.23种调节因子介导的m6A RNA甲基化修饰模式在牙周炎中的作用

  • 基于23种m6A调节因子的表达对牙周炎样本进行无监督一致性聚类分析；
  • 根据m6A调节因子的表达水平，患者被分为3个亚型；
  • 除 YTHDC1 外，其余 m6A 调节因子在 3 个 m6A 修饰模式之间的表达存在显着差异；

5.不同m6A修饰模式免疫微环境特征差异

  • 免疫浸润性细胞、免疫反应基因集、HLA家族基因表达在在三种m6A修饰模式中存在差异；
  • 亚型-2和亚型-3 m6A修饰介导主动免疫反应，pattern-1在牙周炎中导致轻度免疫反应，而pattern-2和pattern-3介导的免疫反应不同。再次证明m6A甲基化修饰对牙周炎不同免疫微环境的塑造具有重要的调控作用。

6.3个m6A修饰模式之间潜在的生物学功能特征多样性

  • GSVA富集分析三种m6A模式亚型HALLMARKS通路和KEGG通路
  • ①图AB：亚型-1和亚型-2；②图CD：亚型-1和亚型-3；③图EF：亚型-2和亚型-3；

7.牙周炎m6A表型相关基因的鉴定及功能分析

  • 确定三种m6A修饰模式中共有的DEGs，1631个常见基因被视为m6A表型相关基因；
  • GO-BP功能富集分析：参与免疫调剂的m6A表型相关基因：①主要参与细胞周期和蛋白质修饰的调节；②与抗原过程、Fc信号转导、免疫细胞增殖调控和细胞因子介导的通路显着相关
  • 构建 m6A 修饰模式相关的综合基因图谱，WGCNA 鉴定不同 m6A 修饰相关的基因-基因模块，WGCNA采用前25%的变异基因进行分析，排除异常样本；
  • G图绿色模块的hub基因与m6A修饰模式-1高度相关。

ps：本文进行了三种亚型分析，因此在进行数据收集的时候注意样本量哦。

na

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