我被跨系统的换行符折磨疯了~~~

2022-04-19 12:30:22 浏览数 (1)

不同的操作系统使用的换行符不同,如 Windows 使用的换行符是rn (回车 换行), Unix/Linux使用的换行符是n (换行),Mac 使用的换行符是r (回车)。

这么使用是有其历史渊源的,来源于打字机时代:

电传打字机每秒钟可以打10个字符。但是它有一个问题,就是打完一行换行的时候要用掉0.2秒,正好可以打两个字符。 如果在这0.2秒里面,又有新的字符传过来,那么这个字符将会丢失。 于是科学家想了个办法解决这个问题,就是在每行后面加两个表示结束的字符,回车和换行: 回车,符号 r;是告诉打字机把打印头定位在左边界; 换行,符号 n;是告诉打字机把纸张向下方移动一行; https://blog.csdn.net/lijing742180/article/details/85018164

电脑发明后,这一习惯就沿用了下来。但为了节省存储的空间,Unix 和 Mac 做了修改。

  • 在Unix/Linux系统中,行尾只使用换行符 n,系统会自动加上r实现 回车 换行 的操作;
  • 在 Mac 系统中,行尾只使用回车符 r,系统会自动加上 n实现 回车 换行 的操作;

这对我们通常也没什么影响,键盘上的Enter键自己会处理这个事情。

但如果我们跨系统传输和使用文件时,问题就出来了。

Winddows 的程序传到 Linux不能运行

比如下面这个脚本metaphlan_to_stamp.pl,可能在 windows 下做了修改,保存时自动加了r,而r在 Unlix/Linux 上显示为^M,运行时弹出如下错误提示:

代码语言:javascript复制
metaphlan_to_stamp.pl: /usr/bin/perl^M 解释器错误:没有那个文件和目录

找不到名字为perl^M的解释器,实际应该是用perl做解释器,因为这个是perl脚本。其它语言脚本也会有类似问题,如bash^M, python^M等。

怎么修改呢? 找到这个程序,把r去掉即可。用下面的命令。

代码语言:javascript复制
sed -i 's/r//' metaphlan_to_stamp.pl

代码语言:javascript复制
# 这是看到什么替换什么
# 但需要注意^M 不是^加 M,而是一个字符
# ^M的输入方式是 先按快捷键ctrl v,再按快捷键ctrl m,稍微麻烦一些
sed -i 's/^M//' metaphlan_to_stamp.pl

有时不如果知道程序在什么地方,可以用which返回脚本的路径,直接替换

代码语言:javascript复制
sed -i 's/r//' `which metaphlan_to_stamp.pl`

Winddows 的数据传到 Linux不能匹配

我们在做数据提取时,尤其是用awk时,也会遇到这样诡异的问题,代码没问题,测试数据也没问题,换上真实数据就是匹配不出来。

这时别着急,用cat -A filename查看下文件里面有没有特殊字符。也许是因为文件夸了系统捣的鬼。

像下面这个数据最后一列切出来的字符是Cancer^M而不是Cancer;如果用Cancerkey去匹配信息,是匹配不到的。

代码语言:javascript复制
SampleID^IGroup^M$
C1^ICancer^M$
C2^ICancer^M$

Linux 的数据传到 Windows 打开不换行

Linux 生成的文件,传到 windows,如果用记事本打开,会出现都在一行的情况。尽量不要用记事本,装一个文本查看器,UltraEdit、Notepad 之类的。

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