在上一篇文章Linux系统入门系列之三：初识Bash中，我带大家初步认识了Bash这个Linux系统中的Shell，并学习了使用vim编辑、处理文本信息。事实上Bash拥有非常多的工具命令，并且很多工具命令已经集成化，可以完成多种多样的任务，就像Windows系统中的Office软件一样。接下来将带大家认识更多的工具命令以及数据的输入与输出，从而便以后各种生物信息数据的处理。
——走进Bash
3.工具命令
虽然Vim很强大，但是批量处理一些文本文档尤其是很大的文件（例如高通量测序数据），一些逐行处理的工具命令非常实用。
⑴选取命令：cut，grep
选取命令可以基于关键字按行搜索，将含有关键字的行选取出来。一般来说cut为剪取（注意不是剪去）标准输出的内容（可以理解为屏幕显示内容，可以来自cat/more/less），而grep除了处理标准输出的内容还可以处理文件，使用规则如下：
代码语言：javascript复制cut -d ‘分割字符’ -f ‘范围’
cut -c ‘字符范围’
grep -acinvw --color=auto ‘要选取的内容’ ‘文件名称’其中grep参数-i忽略大小写，-v反向选取，-n输出行号，-w匹配整个单词。注意，有时候工具命令里的单引号和双引号不能相互替代！使用示例如下：
--color=auto将关键字使用其他颜色标识：
⑵排序命令：sort，uniq，wc
sort可以依据数据类型来进行排序，uniq可以合并相同数据类型并计算数目，wc可以计算文件的字符数、行数等信息，使用规则如下：
代码语言：javascript复制sort -bfMnrtuk ‘文件或标准输出’其中-f忽略大小写，-b忽略最前面空格，-M按月份排序，-n纯数字排序，-r反向排序，-u相同数据拍在同一行，-t分隔符类型，默认为空格（若是tab需要转义：-t $'t'），-k作为排序标准的区间，默认以行首排序。
代码语言：javascript复制uniq -ic其中-i为忽略大小写，-c为对相同数据进行计数。
代码语言：javascript复制wc -lwm ‘文件或标准输出’其中-l列出行数，-w列出字数，-m列出字符数，排序计数的具体使用示例如下：
计算文件的整体数据：
需要注意的是，不同语系下排序顺序不同，例如在en_US.UTF-8中，字母无论大小写均按照字母表顺序排序，而C语言中大写字母排在小写字母之前：
计算当前路径下文件数目：
⑶字符转换命令：tr，col，expand
命令tr可以删除或替换文字信息，col和expand可以将tab键转换为空格键，使用规则如下：
代码语言：javascript复制tr -ds ‘要删除的内容’ ‘要替换的内容’命令tr可以处理来自标准输出的内容，其中-d为删除，-s为替换，例如将“：”替换为“；”方法示例如下：
将所有的小写字母替换为大写字母并保存：
col -x命令col可以处理标准输出的内容，其中-x将tab键转换为对等的空格键。使用示例如下：
expand -t命令expand可以处理标准输出内容，其中-t后面跟数字，一般一个tab键可以用8个空格键替换。使用示例如下：
⑷整合切割命令：join，paste，split
命令join可以将具有相同数据的两个文件整合到一起，命令paste将两个文件的行并列并以tab分隔，命令split可以将大文件根据大小或行数切割成小文件以便于复制。使用规则如下：
代码语言：javascript复制join -ti12 file1 file2命令join可以处理文件内容并转换为标准输出，其中-t后面跟分隔符，默认是空格或tab，-i忽略大小写，-1后面跟数字，也即第一个文件以一行的第几个字段为关键字，默认为行首，-2也即第二个文件以一行的第几个字段为关键字。使用示例如下：
paste -d file1 file2命令paste可以按行将两个文件整合为一个文件，而不需要按照关键字。其中-d后面为分隔符，默认为tab。使用示例如下：
split -bl file sfile命令split可以直接切割文件数据，其中-b后面加要切割成的文件大小，可以直接写字节数或者加k、m单位，-l后面加要切割成的文件行数，sfile为小文件前导名，命令会自动加后缀区分，使用示例如下：
往期Linux系统入门系列文章：
Linux系统入门系列之一
Linux系统入门系列之二
Linux系统入门系列之三：初识BASH
