论文
Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic
image.png
本地文件 s41564-020-0771-4.pdf
代码和数据下载链接
https://github.com/plemey/SARSCoV2origins
今天的推文我们来重复一下论文中的 Figure 2 中的簇状柱形图
image.png
之前的推文也介绍过R语言ggplot2做簇状柱形图的代码，这个图和之前的比较常规的簇状柱形图的区别在于多了一个贴近坐标轴的分组线段，今天的推文主要介绍的是这个的实现办法
有一个R包是ggh4x,这里有函数可以直接控制坐标轴的范围
没有找到原文的原始数据，直接自己随便构造一个数据
image.png
加载需要用到的R包
代码语言：javascript复制library(readxl)
library(ggplot2)
library(ggh4x)
读取数据
代码语言：javascript复制
df<-read_excel("Figure2.xlsx")
df
最普通的簇状柱形图
代码语言：javascript复制ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))
geom_col(aes(fill=group),
position = position_dodge(0.4),
width = 0.3)
image.png
设置柱子的先后顺序
代码语言：javascript复制df$x<-factor(df$x,
levels = c("NTD","CTD","Variable loop","S1 3 end","S2"))
df$group<-factor(df$group,
levels = c("Pangolin Guangdong 2019",
"Pangolin Guangxi 2017 (P5L)",
"Yunnan 2013 (RaTG13)"))
简单美化
代码语言：javascript复制ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))
geom_col(aes(fill=group),
position = position_dodge(0.4),
width = 0.3,
show.legend = F)
scale_y_continuous(expand = c(0,0),
limits = c(-0.1,1))
theme_minimal()
theme(panel.grid = element_blank(),
axis.line.y = element_line(),
axis.ticks.y = element_line())
labs(x="loop removed",
y="Genetic distance from humannSARS-CoV-2n(substitutions per site)")
annotate(geom = "segment",
x=0.6,y=0,xend = 5.4,yend = 0)
scale_fill_manual(values = c("#ff7a17",
"#808284",
"#1db280"))
# theme(#plot.margin = unit(c(0.5,0.1,2,0.5),"cm"),
#
# axis.text.x = element_text(margin =
# margin(2,0,0,0,unit = "cm")))
guides(y=guide_axis_truncated(trunc_lower = 0,
trunc_upper = 1)) -> p1
p1
image.png
最后是添加表示分组的柱子
代码语言：javascript复制
p1 annotate(geom = "segment",
x=0.6,xend=1.4,
y=-0.05,yend = -0.05,
size=5,
color="#c2abd3")
annotate(geom = "segment",
x=1.6,xend=2.4,
y=-0.05,yend = -0.05,
size=5,
color="#d899be")
annotate(geom = "segment",
x=2.6,xend=3.4,
y=-0.05,yend = -0.05,
size=5,
color="#d5d6e9")
annotate(geom = "segment",
x=3.6,xend=4.4,
y=-0.05,yend = -0.05,
size=5,
color="#d899be")
annotate(geom = "segment",
x=4.6,xend=5.4,
y=-0.05,yend = -0.05,
size=5,
color="#f8a5c9")
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