RNAseq

查看文件信息的几种命令

• ll -rth 可以显示当前目录下的文件，及其简单信息，但是无法查看具体大小等信息

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[yelx@localhost rawdata]$ ll -rth

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total 19G

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.5G Mar 26 12:20 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.5G Mar 26 12:21 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_2.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.6G Mar 26 12:33 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-3-H1975_BKDL210012906-2a-A44-AK4544_1.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.6G Mar 26 12:34 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-3-H1975_BKDL210012906-2a-A44-AK4544_2.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.5G Mar 26 12:46 DX20210308_RNA_seq-2-RBM33-Sh-1-H1975_BKDL210012906-2a-A31-AK4544_1.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.6G Mar 26 12:48 DX20210308_RNA_seq-2-RBM33-Sh-1-H1975_BKDL210012906-2a-A31-AK4544_2.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.8G Mar 26 12:59 DX20210308_RNA_seq-4-pLVX-ShRNA-1-H1975_BKDL210013572-2a-A47-AK4544_1.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.8G Mar 26 13:01 DX20210308_RNA_seq-4-pLVX-ShRNA-1-H1975_BKDL210013572-2a-A47-AK4544_2.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.7G Mar 26 13:11 DX20210308_RNA_seq-4-RBM33-Sh-2-H1975_BKDL210013572-2a-A26-AK4544_1.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.7G Mar 26 13:13 DX20210308_RNA_seq-4-RBM33-Sh-2-H1975_BKDL210013572-2a-A26-AK4544_2.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.4G Mar 26 13:21 DX20210308_RNA_seq-4-RBM33-Sh-3-H1975_BKDL210013572-2a-A43-AK4544_1.fq.gz

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-rw-rw-r--. 1 yelx yelx 1.4G Mar 26 13:22 DX20210308_RNA_seq-4-RBM33-Sh-3-H1975_BKDL210013572-2a-A43-AK4544_2.fq.gz

1. ls -l

• ls 命令一般用于查看文件和目录的信息，包括文件和目录权限、拥有者、所对应的组、文件大小、修改时间、文件对应的路径等等信息
• ls -l 查看文件大小，在大部分的Linux系统中，都已经设置了ls -l的别名为ll

image.png

其实，一般很少遇见两个的样本的大小完全一样的。

2. du

• du命令一般用于统计文件和目录所占用的空间大小

image.png

image.png

3. wc

• wc -c 文件名 统计字节数

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wc -c DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz 

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1520130156 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz

• wc -l 文件名 统计行数

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$ wc -l DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz 

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6567419 DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz

4. stat

• stat 文件名undefined只能逐个查看文件的信息，但是信息很详细。

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$ stat DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz 

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  File: ‘DX20210308_RNA_seq-2-pLVX-ShRNA-2-H1975_BKDL210012906-2a-A46-AK4544_1.fq.gz’

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  Size: 1520130156  Blocks: 2969016    IO Block: 4096   regular file

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Device: 822h/2082d  Inode: 70254601    Links: 1

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Access: (0664/-rw-rw-r--)  Uid: ( 1000/    yelx)   Gid: ( 1000/    yelx)

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Context: unconfined_u:object_r:unlabeled_t:s0

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Access: 2021-05-28 11:10:49.171449423  0800

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Modify: 2021-03-26 12:20:39.309920271  0800

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Change: 2021-04-08 11:07:56.997003012  0800

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 Birth: -

linux image ls png undefined

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