R绘图_ 字节宝

先构造一个练习数据集，假设有15个病人，每个病人有年龄、性别、症状、是否有RNA-seq和WES测序等信息。

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library(ggplot2)

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library(tidyverse)

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library(reshape2)

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library(RColorBrewer)

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clinical.df=data.frame(

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  patient=paste("P",seq(1:15),sep = ""),

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  age=sample(20:80,15,replace = T),

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  gender=sample(c("male","female"),15,replace = T),

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  symptom=sample(c("mild","moderate","severe"),15,replace = T),

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  RNAseq=sample(c("yes","no"),15,replace = T),

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  WES=sample(c("yes","no"),15,replace = T)

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年龄可以看做是连续的，我们进一步分成三个level，最终的数据格式如下：

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clinical.df$age=ifelse(clinical.df$age < 40,"level1",

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                       ifelse(clinical.df$age < 60, "level2","level3"))

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# head(clinical.df)

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# patient    age gender  symptom RNAseq WES

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# 1      P1 level2 female moderate    yes yes

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# 2      P2 level2   male     mild    yes yes

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# 3      P3 level2 female     mild     no  no

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# 4      P4 level1   male   severe     no yes

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# 5      P5 level2   male     mild    yes  no

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# 6      P6 level3 female moderate     no yes

在使用geom_tile画方块图之前，需要将宽数据转换为长数据，使用到reshape2中的melt函数

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clinical.df2=melt(clinical.df,id="patient")

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# head(clinical.df2)

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# patient variable  value

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# 1      P1      age level2

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# 2      P2      age level2

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# 3      P3      age level2

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# 4      P4      age level1

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# 5      P5      age level2

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# 6      P6      age level3

接下来，为了自定义图形横纵轴变量的顺序，可以人为定义因子变量，并指定因子的level。 （这种方法在实际画图中，经常用到）

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clinical.df2$patient=factor(clinical.df2$patient,levels = paste("P",seq(1:15),sep = ""))

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clinical.df2$variable=factor(clinical.df2$variable,levels = c("WES","RNAseq","symptom","gender","age"))

然后是自定义颜色，创建一个命名的字符串向量，表示颜色的字符串都是通过R包RColorBrewer查询的，可以参考我之前的一篇笔记：ColorBrewer配色方案

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cols=c(

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  "level1"="#E5F5E0","level2"="#A1D99B","level3"="#41AB5D",

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  "male"="#66C2A5","female"="#FC8D62",

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  "mild"="#377EB8","moderate"="#FFFF33","severe"="#E41A1C",

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  "yes"="black","no"="lightgrey"

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最后开始画图

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clinical.df2%>%ggplot(aes(x=patient,y=variable))

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  geom_tile(aes(fill=value),color="white",size=1)  #color和size分别指定方块边线的颜色和粗细

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  scale_x_discrete("",expand = c(0,0))  #不显示横纵轴的label文本；画板不延长

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  scale_y_discrete("",expand = c(0,0))

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  scale_fill_manual(values = cols)  #指定自定义的颜色

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  theme(

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    axis.text.x.bottom = element_text(size=10),axis.text.y.left = element_text(size = 12), #修改坐标轴文本大小

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    axis.ticks = element_blank(), #不显示坐标轴刻度

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    legend.title = element_blank() #不显示图例title

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ggsave("tmp.pdf",device = "pdf",width = 21,height = 7,units = "cm")

图中右侧的图例并不是我们想要的，这时还需要用AI稍微编辑一下。

macos 编程算法

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