今天看了ISME主编见面会，其中主编Josh D. Neufeld分享了他们组一个Blog，介绍了微生物学中常见的一些小错误。
作者将这些小错误进行了总结，方便大家提升写作的质量。这里进行简单翻译和总结。可能存在我理解错的地方，大家可以自行阅读原文。
注意，作者说的也不一定都是对的，如最后有一些人并不赞同作者的看法，彼此进行了友好的讨论。
链接：
https://uwaterloo.ca/neufeld-research-group/blog/post/here-and-elsewhere-open-resource-authors-and-peer-reviewers
1. 所有经过验证的分类学名称都应该用斜体。其中门没有被Bacteriological Code验证，因此门斜体或者不斜体都可以。
2. 当指的是生物体本身的时候，分类学名称不需要大写或使用斜体。如“..all detected bacteria and archaea were..”，这里不需要大写或斜体。
3.不用“next-generation sequencing”，用“high-throughput sequencing”。
4. 不要用“16s rDNA”, “rDNA”, "16S genes”, “16S"。使用16S rRNA genes” for DNA；"16S rRNA” for RNA。
5. 数字小于10用拼写，不写数字。大于10可以写数字。
6. “while” 和 "since"表示时间。当不隐含时间时，适当地用"whereas"， "although"， "even though"或"because"代替。
7. spp.指一个属内多个种。sp.和spp.要区分使用。
8. 对于sp.或spp.，不要使用斜体。
9. 在以-ly结尾的副词后面不要有破折号(如，"randomly collected soil samples")。
10. 在科学写作中不要使用缩写。
11. R2中的R应该斜体，p值中的p应该小写并斜体。
12. 不要用“tag”或“pyrotag”，这是不言而喻的。大家都只测序了单个的marker基因，如16S rRNA genes，不会有人测基因全长。
13. 使用“Shannon Index”来指代Shannon指数。而不是用Shannon–Wiener’，‘Shannon–Weaver’等其他名称。
参见：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1046/j.1466-822X.2003.00015.x
14. 使用“PCR amplification”或其他可代替的说法，尽量少用polymerase chain reaction reaction (“PCR reaction”)这种冗余说法。
15. PCR中加入的DNA体积不重要，质量很重要。如1-10 ng of DNA template。
16. 保持数字和单位之间的间距一致。
17. 不要用"interesting"或"interestingly"，让读者自己决定是不是有趣。
18. 注意把文章中存在的双空格替换为单空格。
19. 不要用“dramatic” or “dramatically”描述结果。
20. 科学写作中删除所有的“etc.”，可使用“among others”或“for example”。
21. 使用Oxford逗号，或者其他统一的形式。
22. “anaerobic”和“anoxic”被错误的使用。Anoxic (缺氧) 是针对环境，anaerobic (厌氧)是针对代谢。类似的问题还有 “aerobic”和“oxic”。
23. “population”指同一个物种的成员。“community”指多个物种的集合。
24. 科学写作中不需要用(R), (C), 和(Tm)。
25. 不要提文章中明确展示的数据。解释你的结果显示了什么，然后引用数据显示来支持你的主张(图1)。
下面还有其他的一些人进行了一些补充。
其中一些意见和上文不同，如下面的25, 26，27。具体如何还需要自行判断。
1. "a number of samples"不清晰，可写清楚具体的样本量或使用清楚一些的短语，如"several samples"。
2. 可以用“to”就别用"In order to"。
3. 当使用包含"respectively"的长难句时，尽量替换为其他简单句子。
4. "M" (molar) 和 "mol" (moles)被错误使用。"X M of whichever-compound were added"这种用法是错误的，因为M指的是摩尔浓度，不是绝对量。可使用：(1) the volume of an X M (X-molar) solution added; (2) the final molar concentration of the solution; (3) the absolute number of moles added.
5. 对PCR体系的描述要一致。与DNA模板一样，其他组分(MgCl2、引物和其他组分)的体积并不重要。摩尔量，或者说最终摩尔浓度更重要。
6. 确认"nonetheless", "conversely", "notwithstanding", "moreover", additionally, "subsequently", "consequently"，"concomitantly"这些词的含义。
7. "data"是复数形式。
8. Materials & Methods 和 Results部分时态要一致。通常情况下两部分都应该用过去时态。
9. 引用时用双引号，而不是单引号。
10. 注意测序数据要写Genbank accession numbers。
11. 不要用"shown in"引用文章数据，而是通过评价结果引出他们是如何得到的。
12. 有效数字要统一。
13. 系统发生树中显示的所有分类单元用斜体。
14. 移除符号下方的阴影效果。
15. 图片中使用Arial或其他sans serif font。
16. 右对齐表编号列，左对齐文本列。此外，只需要在标题行之上、标题行之下和最底部有水平线。
17. 轴标签上不要有标题。
18. 不用"Percent of x"，而用"Proportion of x"，后面括号中为百分比。
19. 图不需要颜色。如果要保留颜色，使用在黑白印刷时可以区分的颜色。
20. 第一次出现在文章中的缩略词需用长形式表示(摘要不算)。在摘要中不要过多地缩写或使用首字母缩略词，除非在摘要中重复使用这些词。
21. 不要用数字或首字母缩略词开始一个句子。
22. 句子开头不要用缩写的物种名称，如E. coli。
23. 理解"principle"和"principal"的含义，特别是在统计分析中。
240. 不要混淆amplicon sequencing和metagenomics。
25. 只有属和种应该用斜体。其他的分类级别是大写的，但不是斜体。
Bacteria, Archaea, Firmicutes, Enterobacteriaceae, Escherichia coli, Bacillus subtilis...
26. P-value是否大写以及是否斜体并不统一，不同期刊可能不一样。另外双空格页可以使用，阅读起来可能更容易。另外这个人提了一个问题：为什么科学写作中不能使用缩略词？，他专门开了一个帖子讨论这件事：
https://scientistseessquirrel.wordpress.com/2015/10/01/why-do-not-we-use-contractions-in-scientific-writing/
27. 这个人更猛，他作为一个非英语母语的人，一个疑问是到底啥是English。是British Oxford? Jamaican? US? Aussie? 他认为上面这些观点虽然是对的，但这些并不是审稿人应该关注和提出异议的地方，审稿人不是来做英文校对的。
Josh D. Neufeld回复说他同意我们作为审稿人的工作应该90%以上是关于科学本身。关于写作的质量，他认为有时候英语问题会让人分心，一些具体的例子可以帮助作者在修改阶段解决主要的写作问题。
