TBtools | 基因序列ID简化、重命名及添加前缀

2021-12-08 19:02:11 浏览数 (2)

你是否遇到过基因原始序列ID太长,包含太多不需要的信息,那么我们该如何对原始序列ID进行操作来加速我们的数据分析呢?

如果你有这方面的困扰,那么本期讲解的TBtools序列工具中的基因序列ID处理工具,相信一定会对你有所帮助。ID处理工具共包括ID Simplify、ID Rename和ID Prefix三部分。

进入TBtools界面,点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到(如下图)。

演示文件

代码语言:javascript复制
>ATCG00050.1 pacid=19637970 locus=ATCG00050 ID=ATCG00050.1.TAIR10 annot-version=TAIR10
ATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTGGTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCCTT
GCAATTGATGTTCGATACCGAAGAGAAGGAAGAGATCTTAGTAAGGTGGGTTTTTATGAT
CCCATAACTAATCAAACTTTTTTAAACCTTTCTGCTATTCTCGATTTTCTTAAAAAAGGA
GCTCAACCAACAAGAACAGCTCATGATATTTCAAAGAAGGCTGGGATTTTTACGGAATGA
>ATCG00065.1 pacid=19638004 locus=ATCG00065 ID=ATCG00065.1.TAIR10 annot-version=TAIR10
ATGCCAACCATTAAACAACTTATTAGAAATACAAGACAGCCAATCCGAAACGTCACGAAA
TCCCCAGCGCTTCGGGGATGCCCTCAGCGACGAGGAACATGTACTCGGGTGTAT
>ATCG00070.1 pacid=19637972 locus=ATCG00070 ID=ATCG00070.1.TAIR10 annot-version=TAIR10
ATGCTTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTTTTTTAATTCTACCCTTTTTTCAAGCACT
TTTTTAGTCGCCAAATTGCCAGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCGTAGATGTTATG
CCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCCGCTGTAAGTTTT
CGATAA
>ATCG00080.1 pacid=19637976 locus=ATCG00080 ID=ATCG00080.1.TAIR10 annot-version=TAIR10
ATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATA
TTTGGATTCCTATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAA

功能介绍

1.ID Simplify(ID简化)

ID简化可以将原始序列ID的描述信息去掉从而实现简化。

输出结果:

代码语言:javascript复制
>ATCG00050.1
ATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTGGTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCCTT
GCAATTGATGTTCGATACCGAAGAGAAGGAAGAGATCTTAGTAAGGTGGGTTTTTATGAT
CCCATAACTAATCAAACTTTTTTAAACCTTTCTGCTATTCTCGATTTTCTTAAAAAAGGA
GCTCAACCAACAAGAACAGCTCATGATATTTCAAAGAAGGCTGGGATTTTTACGGAATGA
>ATCG00065.1
ATGCCAACCATTAAACAACTTATTAGAAATACAAGACAGCCAATCCGAAACGTCACGAAA
TCCCCAGCGCTTCGGGGATGCCCTCAGCGACGAGGAACATGTACTCGGGTGTAT
>ATCG00070.1
ATGCTTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTTTTTTAATTCTACCCTTTTTTCAAGCACT
TTTTTAGTCGCCAAATTGCCAGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCGTAGATGTTATG
CCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCCGCTGTAAGTTTT
CGATAA
>ATCG00080.1
ATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATA
TTTGGATTCCTATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAA

2.ID Rename(ID重命名)

我们对上一步简化后的ID进行重命名,具体步骤如下:

输出结果:

代码语言:javascript复制
>New_id1
ATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTGGTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCCTT
GCAATTGATGTTCGATACCGAAGAGAAGGAAGAGATCTTAGTAAGGTGGGTTTTTATGAT
CCCATAACTAATCAAACTTTTTTAAACCTTTCTGCTATTCTCGATTTTCTTAAAAAAGGA
GCTCAACCAACAAGAACAGCTCATGATATTTCAAAGAAGGCTGGGATTTTTACGGAATGA
>New_id2
ATGCCAACCATTAAACAACTTATTAGAAATACAAGACAGCCAATCCGAAACGTCACGAAA
TCCCCAGCGCTTCGGGGATGCCCTCAGCGACGAGGAACATGTACTCGGGTGTAT
>New_id3
ATGCTTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTTTTTTAATTCTACCCTTTTTTCAAGCACT
TTTTTAGTCGCCAAATTGCCAGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCGTAGATGTTATG
CCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCCGCTGTAAGTTTT
CGATAA
>New_id4
ATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATA
TTTGGATTCCTATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAA

3.ID Prefix(ID添加前缀)

ID prefix可以对序列ID添加需要的前缀信息,这里对上一步重命名后的ID增加前缀"Test-"。

输出结果:

代码语言:javascript复制
>Test-New_id1
ATGGTAAAACTTCGTTTAAAACGATGTGGTAGAAAGCAACGAGCCGTTTATCGAATCCTT
GCAATTGATGTTCGATACCGAAGAGAAGGAAGAGATCTTAGTAAGGTGGGTTTTTATGAT
CCCATAACTAATCAAACTTTTTTAAACCTTTCTGCTATTCTCGATTTTCTTAAAAAAGGA
GCTCAACCAACAAGAACAGCTCATGATATTTCAAAGAAGGCTGGGATTTTTACGGAATGA
>Test-New_id2
ATGCCAACCATTAAACAACTTATTAGAAATACAAGACAGCCAATCCGAAACGTCACGAAA
TCCCCAGCGCTTCGGGGATGCCCTCAGCGACGAGGAACATGTACTCGGGTGTAT
>Test-New_id3
ATGCTTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTTTTTTAATTCTACCCTTTTTTCAAGCACT
TTTTTAGTCGCCAAATTGCCAGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCGTAGATGTTATG
CCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCCGCTGTAAGTTTT
CGATAA
>Test-New_id4
ATGCTTACTCTCAAACTTTTTGTATACACTGTAGTTATATTCTTTGTTTCTCTCTTCATA
TTTGGATTCCTATCTAATGATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAA

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