TBtools | Fasta格式与Table格式相互转化、Fasta文件拆分合并

2021-12-15 14:26:20 浏览数 (2)

本次介绍的是TBtools序列工具中的Fasta格式与Table格式相互转化以及Fasta文件的拆分与合并。进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。

首先介绍的是Fasta to Table Convert，该功能可以实现将Fasta格式的序列文件转换为Table格式，也可以将Table格式序列文件转换成Fasta格式。

演示文件①

代码语言：javascript复制


>Find00050.1
AAAGGTAATATATCTTCATTAAATATACAAAAAGGTACCTT
TTGGATGGAAAAGAAGTATATCTTGATAAGGGTATACTTCA
AGCGAATACGATCAAGGACTAAGAATTGTGAGTGTACCAAA
>Find00050.2
CATTAATTTCACTACATGAAAAGATTTTGCTGAGAAAAAGG
TTGGCTACCTCAAAAGTAGACTTGAAATTGAACATACTCGC
TCTTGGTTCACATCTTTTCTACTCTCATTTCCTATTCCTTG
>Find00050.3
TTTCCTCCGTTGTTATCGCTTCCGTTTGAAGATGCACCTGA
GCTGCTGAGCTTGATGATCCATTGTTACCATTATTTCCTCC
GAAGATGCACCTGAGGCTGCTGCGGCTGATGATGCTGCTG

操作步骤：如下图，可以选择以文件形式输出，或者点击图中黄色框中的[Output TextArea]直接输出在TBtools中。

输出结果：Fasta格式转换成Table格式

代码语言：javascript复制
Find00050.1    AAAGGTAATATATCTTCATTAAATATACAAAAAGGTACCTTTTGGATGGAAAAGAAGTATATCTTGATAAGGGTATACTTCAAGCGAATACGATCAAGGACTAAGAATTGTGAGTGTACCAAA
Find00050.2    CATTAATTTCACTACATGAAAAGATTTTGCTGAGAAAAAGGTTGGCTACCTCAAAAGTAGACTTGAAATTGAACATACTCGCTCTTGGTTCACATCTTTTCTACTCTCATTTCCTATTCCTTG
Find00050.3    TTTCCTCCGTTGTTATCGCTTCCGTTTGAAGATGCACCTGAGCTGCTGAGCTTGATGATCCATTGTTACCATTATTTCCTCCGAAGATGCACCTGAGGCTGCTGCGGCTGATGATGCTGCTGA

Tips：如果我们想把Table格式换成Fasta格式，只需要将TBtools中的转换方式调成[Table to Fasta]即可。

接下来介绍的是Fasta Merge and Split，该功能可以实现将多个Fasta文件合并成一个，或者将一个Fasta文件拆分成多个。

演示文件②

首先是Fasta合并，共三个Fasta文件：

代码语言：javascript复制
>test1
AATAAAGATCCAAGTAAGAAATATGATAAAATCGTAGAAGTTAAAAACTATTTGAGCTCG
ATAACAGAACGTCAAGTTCAAATTATCTCTCATGACACTGGAATTTTAGCTATAGTAGAA
TATGTGAAAGGTCTTAATGAAAGATGTGGAGGAGTATCTTTCTCTAATTATTTAAATGAA
代码语言：javascript复制
>test2
TGTACGGATAAAAGCTTCATGGATTACGCTAAATCTGTTGTACCTTTTATATCCCCAGAT
TGCAACAATCGTACAACATGTAAGAATTTAACTTTTTCATCTGAACCTCTTATTCTTGCA
AATAATACGAGAGAAATGTCTGGAGCACTATATTACTCATCTGTACCTAATCAGTTTATA
GCAGCTAAGAATTATCCAGCAATTGTAGTTGTACCTAGTGGAGAAGTTGAACAAGTAGGT
代码语言：javascript复制
>test3
TACCGCAATAGTGAAAACAATATTGGCGTACTAGATTTAAGAGATAAATCTGTAGTAGAT
TTTAAGATGAAACTCATGAACAACACCTTAGTACTACAGTATCAAGGTAATAATTTTGTA

操作步骤：

输出结果：

代码语言：javascript复制
>test1
AATAAAGATCCAAGTAAGAAATATGATAAAATCGTAGAAGTTAAAAACTATTTGAGCTCG
ATAACAGAACGTCAAGTTCAAATTATCTCTCATGACACTGGAATTTTAGCTATAGTAGAA
TATGTGAAAGGTCTTAATGAAAGATGTGGAGGAGTATCTTTCTCTAATTATTTAAATGAA
>test2
TGTACGGATAAAAGCTTCATGGATTACGCTAAATCTGTTGTACCTTTTATATCCCCAGAT
TGCAACAATCGTACAACATGTAAGAATTTAACTTTTTCATCTGAACCTCTTATTCTTGCA
AATAATACGAGAGAAATGTCTGGAGCACTATATTACTCATCTGTACCTAATCAGTTTATA
GCAGCTAAGAATTATCCAGCAATTGTAGTTGTACCTAGTGGAGAAGTTGAACAAGTAGGT
>test3
TACCGCAATAGTGAAAACAATATTGGCGTACTAGATTTAAGAGATAAATCTGTAGTAGAT
TTTAAGATGAAACTCATGAACAACACCTTAGTACTACAGTATCAAGGTAATAATTTTGTA

接下来是Fasta文件的拆分，以上面合并的文件为例。

具体步骤：

值得注意的是，下图拆分模式有三种，这里简单介绍一下。

①Record Per file：拆分后每个文件中含有序列数按照上方设置数来拆分。比如一个文件中共有'>'开头的序列12个，这里设置成3，则会拆分成4个文件，每个文件中含有3个序列。

②Number of File：按照设置数拆分成多少个文件，在这里演示拆分成3个文件；

③Size(KB) per file：按照每个文件3KB大小对原文件进行拆分。

输出结果：将原文件拆分成3个文件，每个文件含有1条序列。

file sequence size table tools

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