昨天，星球内有老师问了一个问题，关于TASSEL中计算kinship异常的问题，讨论了kinship是怎么计算的？怎么判断是否异常？我做了简短的回答：
今天做了一下测试，写篇博客总结一下，TASSEL的MLM模型构建的kinship矩阵是如何计算的。
1. 导入基因型数据
这里导入vcf格式的数据：
2. 导入表型数据和协变量
「表型数据：」
「协变量文件：」
3. 构建kinship矩阵
3.1 Centered_IBS
这种方法，应该就是VanRaden的方法，中心化的IBS亲缘关系矩阵。
构建的kinship矩阵：
R语言比较：
两者一致。
3.2 Normalized_IBS
这种方法应该就是Yang的方法：
结果：
R语言对比：
两者结果完全一致。
3.3 Dominance_Centered_IBS
这个，应该是显性中心化的IBS
结果：
R语言结果对比：
结果完全一致。
3.4 Dominance_Normalized_IBS
这个应该是显性矩阵标准化的IBS矩阵。
结果：
暂时，未找到R中对应矩阵计算的方法。
4. kinship矩阵如何判断异常
1，可以将kinship做热图聚类，查看分布，类似：
2，一般对角线<0.8，或者>1.2的个体，可以判断是离群样本，可以通过PCA看一下其分布
3，非对角线为负值，一般可以认为其为0，如果负值很大，就要看一下是否异常
