说明: 稀疏矩阵是机器学习中经常遇到的一种矩阵形式,特别是当矩阵行列比较多的时候,本着“节约”原则,必须要对其进行压缩。本节即演示一种常用的压缩方法,并说明其他压缩方式。
2.6.2 稀疏矩阵压缩
我们已经可以用Numpy中的二维数组表示矩阵或者Numpy中的np.mat()
函数创建矩阵对象,这样就能够很方便地完成有关矩阵的各种运算。但是,对于稀疏矩阵而言,因为存在大量的零元素,每个零元素都要存储和参与运算,这样会造成大量的冗余和浪费。其实,只需要记录非零数字和位置,比如2.6.1中统计网站互相链接的矩阵中,只需要存储标记为1 的有关网站信息即可,标记为 0 的——这些是冗余——可以不保存。以矩阵乘法为例,0 乘以任何数都是 0 ,0 加上任何数都等于该数,所以这些计算可以不进行。
由此,就要修改矩阵的表示形式,只记录非零元素及其位置,没有记录的位置,都是零元素,这就是矩阵压缩。
★矩阵压缩的基本原则:
- 不重复存储相同元素
- 不存储零元素
下面详细介绍一种压缩稀疏行(Compressed Sparse Row,CSR)的矩阵压缩方法。
假设有三条文本,内容如下(为了方便,以英文为例):
- 文档1:Short sentence
- 文档2:This is not a short sentence.
- 文档3:It is not raining. Is it?
去掉所有的标点符号,并且忽略大小写,然后将所有单词编排序号,如下图2-6-2所示。
图 2-6-2
然后将图2-6-2中的所有单词取出(去除重复单词),并统计每个文档中单词的出现次数(为了直观,此处以统计词的频数,而不是频率),如下表所示:
单词 | short | sentence | this | is | not | a | it | raining |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
索引 | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 |
文档1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
文档2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
文档3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 2 | 1 |
如果写成矩阵,则为:pmb{T} = begin{bmatrix}1&1&0&0&0&0&0&0\1&1&1&1&1&1&0&0\0&0&0&2&1&0&2&1end{bmatrix} 按照上表和矩阵,可以得到三个文档中的每个单词出现的列索引,即矩阵中非零元素对应的列索引,组成一个列表:
代码语言:javascript复制ind = [0, 1, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 3, 4, 6, 7]
一般称ind
为列索引。
然后,将矩阵 pmb{T} 中的所有非零数字(单词出现次数)也组成一个列表(与ind
中的列索引对应):
val = [1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 2, 1]
一般称val
为值。
最后,观察稀疏矩阵 pmb{T} ,第一行第一个非零元素之前共有 0 个非零元素;第二行的第一个非零元素之前共有 2 个非零元素,第三行的第一个非零元素之前共有 8
个非零元素;再记录矩阵中所有的非零数字个数 12 。通过 0、2、8、12 这几个数字,就能确定每行非零数字的数量。将这几个数字仍然组成一个列表:
代码语言:javascript复制ptr = [0, 2, 8, 12]
这样,我们通过ind
、val
、ptr
三个列表中的值,就能准确地记录了矩阵 pmb{T} 中所有非零数字的位置和值,同时剔除了零元素。从而实现了对原有稀疏矩阵的压缩。从图2-6-3中,能够更直观地了解上述压缩过程和效果。
图 2-6-3
CSR 的“按行压缩”就体现在ptr
所记录的结果中,其中的数值可以称为行偏移量,从中可以确定每行的非零数字个数。
与 CSR 对应的,还有按列压缩(Compressed Sparse column,CSC)。此外,还有其他压缩方式,如:COO、DIA、ELL、HYB等。本书在此对这些压缩方式不予以介绍,有兴趣的读者可以查阅有关资料。
在SciPy库中,提供了多种针对稀疏矩阵类(https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/sparse.html),分别实现不同的压缩方式:
类名称 | 说明 |
---|---|
bsr_matrix | 对分块稀疏矩阵按行压缩 |
coo_matrix | 坐标格式的稀疏矩阵 |
csc_matrix | 压缩系数矩阵 |
csr_matrix | 按行压缩 |
dia_matrix | 压缩对角线为非零元素的稀疏矩阵 |
dok_matrix | 字典格式的稀疏矩阵 |
lil_matrix | 基于行用列表保存稀疏矩阵的非零元素 |
下面以csr_matrix
为例进行演示。
import numpy as np
from scipy.sparse import csr_matrix
m = csr_matrix((3, 8), dtype=np.int8)
m
# 输出
<3x8 sparse matrix of type '<class 'numpy.int8'>'
with 0 stored elements in Compressed Sparse Row format>
以上创建了一个用变量 m
引用的被压缩过的矩阵,从输出信息可知,其中保存了 0 个元素,也就意味着对应的稀疏矩阵中都是零元素。
m.toarray() # 转换为数组
# 输出
array([[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]], dtype=int8)
显然,在上面所创建的是所有元素都是零的矩阵——常说的“空矩阵”。
代码语言:javascript复制row = np.array([0, 0, 2])
col = np.array([0, 2, 2])
data = np.array([1, 2, 3])
m2 = csr_matrix((data, (row, col)), shape=(3, 8))
m2
# 输出
<3x8 sparse matrix of type '<class 'numpy.int64'>'
with 3 stored elements in Compressed Sparse Row format>
这里创建了一个 3×8 的稀疏矩阵,然后用CSR方式压缩,从返回信息中可知,在m2
这个压缩矩阵中,保存了 3 个元素,与data
中的值的数量一致。如果将这个压缩矩阵还原,则为:
m2.toarray()
# 输出
array([[1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0]], dtype=int64)
为了便于对照理解前述对稀疏矩阵 pmb{T} 的压缩分析,下面的程序中就创建了该矩阵,并用 CSR 压缩。
代码语言:javascript复制T = np.array([[1,1,0,0,0,0,0,0], [1,1,1,1,1,1,0,0], [0,0,0,2,1,0,2,1]])
csr_T = csr_matrix(T)
csr_T
# 输出
<3x8 sparse matrix of type '<class 'numpy.int64'>'
with 12 stored elements in Compressed Sparse Row format>
变量csr_T
引用的对象是对矩阵 pmb{T} 施行 CSR 后的结果,从输出结果中可知,此对象是将原 3×8 的稀疏矩阵以CSR模式压缩为含有 12 个元素的对象。
可以通过csr_T
的属性,分别得到行偏移量、列索引和值,请与前述分析对照,理解 CSR 的特点。
# 列索引
csr_T.indices
# 输出
array([0, 1, 0, 1, 2, 3, 4, 5, 3, 4, 6, 7], dtype=int32)
代码语言:javascript复制# 行偏移量
csr_T.indptr
# 输出
array([ 0, 2, 8, 12], dtype=int32)
代码语言:javascript复制# 值
csr_T.data
# 输出
array([1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 2, 1], dtype=int64)
其他压缩模式,读者可以结合 SciPy 中的类进行理解和使用。