vcf 转为 ped/map
使用vcftools
vcftools --vcf snp.vcf --plink --out snp
使用plink
plink --vcf snp.vcf --recode --out snp ped和map文件是Plink的基本格式。
ped文件包含以下几列：
第一列：Family ID。
第二列：Individual ID。自然群体这列和Family ID是一样的。
第三列：Paternal ID。未提供信息的话这列为0。
第四列：Maternal ID。未提供信息的话这列为0。
第五列：Sex。未提供信息的话这列为0。
第六列：Phenotype。一般来说，直接拿vcf转换的话这列为-9，也就是缺失。
第七列开始就是个体在每个标记位点的基因型。
map文件包含以下几列：
第一列：染色体编号。
第二列：SNP编号。
第三列：遗传距离。未提供信息的话这列为0。
第四列：物理位置。
ped/map 与 tped/tfam 格式互换
ped/map转换为tped/tfam
plink --file snp --recode --transpose --out snp_test
tped/tfam转换为ped/map
plink --tfile snp_test --recode --out snp ped/map 与 bed/bim/fam互换
ped/map转换为bed/bim/fam
plink --file snp --make-bed --out snp_test
bed/bim/fam转换为ped/map
plink --bfile snp_test --recode --out snp tped/tfam 与 bed/bim/fam互换
tped/tfam转换为bed/bim/fam
plink --tfile snp --make-bed --out snp_test
bed/bim/fam转换为tped/tfam
plink --bfile snp_test --recode --transpose --out snp bed/bim/fam 转为 vcf
bed/bim/fam 转为 vcf
plink --bfile snp --export vcf --out snp_test 常用的Plink格式转换就是这些，大家可以根据自己实际需要相互转换。
染色体的设置
因为PLINK默认的设置是人的染色体， 所以动物中，我们应该设置 --chr-set 19 # 猪 已有的选择： --cow --dog --horse --mouse --rice --sheep
