前面我们详细的介绍了 [[pubmed-使用指南#pubmed 关键词检索]] 以及 [[pubmed-使用指南#pubmed 高级检索]]。今天就来介绍 PubMed 检索结果页面都有哪些内容。这里我们还是以:"mutation[Title/Abstract]" 的检索结果作为例子。
主检索界面
通过检索可以看到下面这样的内容。其中上面是操作栏,右边是筛选栏,中间则是具体的检索结果
检索界面
操作栏
在操作栏主要是对检索结果进行保存以及对检索结果展示的自定义。
结果保存
点击Save把检索结果的各个信息保存成离线文件。例如把每个文献的摘要保存下来。
save 检索结果
这样保存的文件可以进行额外的操作。比如进行分析文献内的文字进行一些文本挖掘,或者导入到 [[文献管理软件介绍]] 当中进行文件的管理。
除了可以下载成离线文件,也可以把这些结果直接发送到自己邮箱。
检索结果发送email
上面两个方法是把想要保存的文献直接保存在别的地方 PubMed 还可以Send To在线保存文献。比如保存到粘贴板 (Clipboard),或者类似于 PebMed 在线文献库的 My Bibliography。
这里主要还是介绍一下粘贴板的用法,其他几个有兴趣的可以了解一下 PubMed 的操作指南。
Clipboard在一次性要收集很多方面的文献的时候非常有用。比如在收集Mutation 和 Methylation两个方面的文献, 其中在 Mutation 当中发现前俩文献有用,就可以选择前俩文献然后点击Send——Clipboard
保存之后,可以在检索栏下面有了一个Clipboard (文献个数) 的按钮。
继续检索Methylation[TIAB]。也选择前两个文献保存到 Clipboard 当中。
这样中意的文献就都保存到 Clipboard 中了。点击Clipboard可以看到之前选择的文献。
Clipboard界面
对于这些保存的文献,可以一起进行Save或者Email操作。避免了重复操作了。
最后需要注意的是,Clipboard 里面的内容只能保存8 个小时。如果想要保存更久,可以放到 My Bibliography 当中。
结果展示自定义
默认的 PubMed 检索结果是基于"Best match"算法进行排序的。且按照"Summary"的格式在每页展示 20 个参考文献。
文献默认展示界面
上述的排序类型,文献格式以及每页展示多少个文献都可以自定义。
文献自定义展示
筛选栏
PubMed 的结果界面可以看到检索的文献的每年发表数量汇总,也可以看到关于文献类型,发表日期,文献内容等方面的筛选选项。
筛选栏总概
其中筛选的内容,可以在Additional filters选择自己常用的一些筛选选项。
添加筛选内容
以上官方给的一些常用的筛选项,如果有自己自己感兴趣的一些筛选项还可以自己来制定。比如检索结果和基因有关的文献,或者有 GEO 数据的文献。
至于如何制定自定义筛选项目,可以改天再聊。
自定义筛选内容
文献具体界面
在检索结果界面,点击每个文献的标题可以看到这个文献的具体内容。
文献具体信息
大多数的情况下,可能也就只是看一看摘要就过去了。但是在结果界面还包括很多其他的内容。
其中Similar articles当中可以查看和这个文献相似的其他文献。这个对于寻找某一类的文章特别的方便。
另外也是可以通过:[[connectedpapers-文章相似性分析]] 来进行分析。
相似性文献查找
而Related information则可以查看这个文献中的新和其他数据库的关系。例如检索的这个文献就是提到了 GEO 的高通量数据。直接点击就可以找到这个文献的 GEO 数据。