R 的 read.table
和 read.csv
读取文件速度比较慢。尤其在读取稍微大一点的数据,需要等很长时间。
在需要读取大文件时,尤其读取列数特别多的文件,不妨试试 data.table 包(https://cran.r-project.org/web/packages/data.table)的 fread
(Fast and friendly file finagler)。它的参数与 read.table
函数类似,但读取速度有非常大提升。
提速两千倍并不是标题党,而是在一个 489 行、1079796 列、1G 纯文本文件中的实测结果。测试机器配置为 2T 内存、80 核 160 线程 CPU(四路Xeon Gold 6248)、SSD 硬盘(RAID 5)。
使用 read.table
读取文件:
times.start <- Sys.time()
file.readtable <- read.table('test.file', sep = ' ', header = TRUE, row.names = 1)
time.end < -Sys.time()
time.running <- time.end-time.start
print(time.running)
读取速度非常慢,竟然花了 20.87 小时,我也懒得去研究是什么原因:
代码语言:javascript复制Time difference of 20.87034 hours
使用 fread
读取文件:
library("data.table")
time.start <- Sys.time()
file.fread <- fread('test.file', sep = ' ', header = TRUE)
time.end <- Sys.time()
time.running <- time.end-time.start
print(time.running)
需要 35.71 秒,还可以接受:
代码语言:javascript复制Time difference of 35.71124 secs
两种方法读取过程占用内存大约在 4.9G,但 fread
要快很多,速度提高了接近 2100 倍!