在学习了一系列的生信分析系列后，最近慢慢有个感悟。生信分析固然重要，但是或多或少生信分析更多是一个工具一个媒介去探索生物学中的问题。往往很多时候，虽然你把大部分分析都做了，但是由于你没有参与太多写作过程，你往往只能分得一个排后面的共同作者。因此，如何将结果展现出来，写成一篇好的文章，也是做生信分析科研工作者必不可少的技能。今天借此推文和大家分享一些写作相关的思考。
了解你的目标观众
一篇研究论文不仅是关于展示信息——它是关于将研究成果传达给它人。为什么CNS的影响力那么高，因为不同于其它的专业性期刊，其受众更加广泛。正因如此，不知道大家有没有留意到，Science和Nature的文章正文都会比较偏简短，但往往附件会特别的长和专业。科学写作的中心原则与任何其他类型的交流完全相同：了解你的目标听众。当我们开始准备稿件时，我们需要考虑谁会阅读它。这个人，可能是一个忙碌的编辑或审稿人，所以我们应该确保我们传达了我们的关键信息。理想情况下，我们希望读者遵循清晰的推理思路，并根据我们的结果得出“正确”的结论。我们希望我们的读者准确地看到我们作者的想法。
下面是一些关于如何传达信息并使其在人们的脑海中留下深刻印象的一般原则。这些可以适用于任何形式的交流，包括科学写作。
- Simple：简单化核心内容和主要信息
- Unexpected：用意想不到的发现，抓住读者的注意力，例如认知的差距，无法预见的结果，一个打破寻常的结论
- Concrete：核心概念应该容易掌握和理解
- Credible：你所提出来的结论必须支持有证据支持和对应的解析
- Emotional：让读者对研究和其重要性产生重大的兴趣（这一点不好实现，需要是比较native的speakers才能写出来这样的效果。）
- Story：故事性很重要，我们从小到大都喜欢读故事，人们喜欢和记住故事。所以一个好的稿件是一个是一个研究的故事包含叙述和合理的逻辑思路。
尽管我们受到科学惯例和大多数期刊固定格式的限制，但我们仍然可以讲述一个关于我们的研究的简单、具体和可信的“故事”（非虚构）。我们可以使用出乎意料的元素来展示研究的新颖性，并通过挖掘情感（例如好奇心、惊奇）帮助读者记住我们的论文。其实如果大家有经常读文献的习惯，会发现国外写作的风格往往更加简洁故事线更加清晰，咱们的写作更加偏向公式格式化。如何能做到这一点，需要我们进行大量的练习，并且通过和native speakers交流获得。
文章每部分内容都有其闪光点
标题让人们阅读这篇论文。
文章标题的非常重要。比如咱们写公众号，如果一个标题里面包含着CNS，阅读量肯定很高。科研写作的标题应该简洁明了，总结论文的主要发现。避免问题、复杂的句子和过多的细节。标题应该简单而具体，也可以包含一些意想不到的东西。
摘要决定了他们是否继续阅读
摘要应该传达主要信息，而不会淹没读者的细节。它可能是最难写的部分，因为它需要在非常严格的字数限制内以易于理解的形式展现出所有关键信息。摘要主要包括简要的背景所用方法，主要发现以及关于研究相关性的最终结论。
介绍
引言介绍了论文的背景，并向读者展示了为什么他们为什么该对这项研究感兴趣。它应该是一个合乎逻辑的思路，引导读者得出结论，这项研究是新颖的、令人兴奋的、值得做的。进行小型文献综述很诱人，介绍部分主要包括与直接研究主题相关的信息以及进行研究的原因，并以明确的研究目标或论文中要解决的假设结束。在介绍的最后，我们期待的效果是，读者应该想知道结果是什么？
方法：一切都与细节有关
在我们的方法部分，我们应为读者提供足够的信息 1) 了解研究设计如何解决研究目标或假设 2) 判断方法和数据分析是否合适。
在和生信相关的文章的方法，我们应该尽可能需要包含更多细节，比如关于工具的使用和流程的选择。并且在GitHub等中，提供相对应的代码，以便其他人重复和学习。对于一些不太重要的信息，比如你取样的时间是星期几，我们通常使用很多约定的语句来保持方法部分的简洁，但它仍然应该清晰易懂。
展示结果：有逻辑也有趣
写作可以通过逻辑和有趣来确定结果展现的顺序。按照“逻辑顺序”首先给出基本结果，而按照“有趣顺序”通过首先报告最令人兴奋的结果来突出研究的新颖性。具体如何决定呢，解决方案通常介于两者之间。回顾研究目标或假设以展示结果如何解决它们是比较好的顺序，这也有助于我们清楚地传达最重要的发现。
关于应该展现哪一部分结果，我们应该考虑哪些结果是“关键结果”，哪些是“支持结果”。关键结果是将要讨论的新发现，“支持结果”可以为结果的解释提供权重或提供证据并支持结论。
讨论是我们的游乐场
讨论应该集中在最有趣的结果上，将重点内容进行讨论。但至少有四种常见的讨论类型，会让一篇本来不错的论文大大失色：
第一种：对每个结果（无论多么微不足道）依次单独讨论。这可能会产生对外围结果的非常长且乏味的讨论，并掩盖论文中最有趣的发现。我们可以通过将讨论集中在最令人兴奋或新颖的发现上，并使用其他人的结果（引用其他文章）来解释它们并得出结论。有时可能需要对结果部分重新排序以实现此目的。
第二种：向读者展示各种证据，最后得出结论。这让读者在深入了解细节的同时需要猜测其对应的结论。我们可以通过预先给出主要发现，并随后参考“支持”结果或其他已发表的研究来解释推理的思路，从而避免这种错误。总结段落的可以再次回顾和强调关键信息。
第三种：单纯的报告，其中的结果仅与其他研究进行比较，几乎没有解释或没有解释。这不仅分散了研究的注意力，反而突出了其他人的工作，而且还错失了展示研究的相关性和提出新想法的机会。
第四种：讨论太冗长，讨论可能很重要但没有侧重点，或者其中的解释跨越了界限，变成了不受结果支持的纯粹推测。
一个非常有趣的讨论汇集了基于研究结果和其他已发表工作的不同证据，以得出合理的结论和/或提出新的想法和假设，以供将来测试。
用你的实际结论结束你的论文
你的结论应该不仅仅是结果的总结。一个很好的思考方式是：读者应该从论文中记住什么？结果的相关性是什么？为什么有人应该关心这项研究？是否有任何悬而未解决或新的问题？
句子中的结构
当我们阅读时，我们的大脑以某种方式处理信息，我们可以通过将不同类型的信息放置在段落和句子中的“战略”位置来强调关键信息。一般来说，读者最有可能记住句子末尾和段落首尾句子中的信息。
“主题句”引导读者。每个段落的第一句话应该立即清楚该段落的内容 - 这是一个“主题句”。在方法部分，这通常是进行测量的原因（例如“为了确定 X 的影响，我们测量了……”）。在结果部分，它通常是每个分析的主要发现。如果可能，我们应该避免关于事物“显着不同”的非常笼统的陈述，而是描述差异（例如“X 中的寄生虫负载显着减少了 30%…”）。主题句在讨论中非常重要，因为它在讨论上下文之前突出了主要发现。检查主题句的一个非常好的方法是写出或复制/粘贴每个段落的第一句话到一个新文档中，看看它是否为您提供了内容的粗略摘要。
另外我们无法避免需要陈述一些不是特别有趣的信息，甚至可能会分散我们对关键信息的注意力（例如不重要的结果）。此类信息的最佳位置是在段落的中间。其中一些“支持结果”还可以帮助填补逻辑空白。
改善信息流
注意逻辑的gap：我们可能对我们的研究很熟悉，以至于我们忽略了一些对其他人来说是必要的信息。遵循一系列推理得出结论就像爬梯子：每条信息都是到达下一个所需的梯级；如果缺少一个梯级，推理线就会中断，读者将永远无法到达顶部。在完成你的论文之前，最好可以向同行研究之外的人那里获得对应的反馈，因为他们更有可能发现逻辑漏洞。所以如果读者或评论者没有“明白”，那么我们可能还没有足够清楚地解释它。
切入正题！：如果一段文本中有很多重复，那么它可能需要重组。我们经常受到字数限制，因此减少不必要的细节或行话很重要。我们应该只包含与研究和结果解释相关的信息，而放弃其余的信息。好的科学写作不是要使用听起来很聪明的单词和句子，而是要以读者可以理解研究并得出正确结论（即我们希望他们得出的结论）的方式表达观点。
使用恰当的图表：好的图可以一目了然地显示了重要的结果。他们还应该帮助减少冗长的解释。表格对于汇总和展示数据很有用；作为一般规则，如果文本部分读起来像一个包含大量数字的列表，那么将信息放在表格中可能会更好。除非论文实际上是关于统计方法的，否则最好将统计表格放在附表中。
始终如一地使用术语并避免使用太多缩写：使用过多的缩写，读者可能不熟悉某些缩写，另外非标准缩写应该是合乎逻辑的，我们应该只使用绝对必要的不能过多的缩写。
关于语法的点滴
直接、主动语态的句子更清晰、更容易理解 主动更好的表达：We observed an increase in growth in the high-diversity plots. ✔ 被动的表达：An increase in growth was observed in the high-diversity plots. ✘
避免名词修饰名词
- Governments should create effective mechanisms for scientists to explain how they spend taxpayers’ money. ✔
- Community information feedback mechanisms are important if governments want scientists to explain how they spend taxpayers’ money. ✘
把新的和重要的信息放在句子的末尾
- Although X had no effect, tree growth was significantly greater in Y. ✔
- Although tree growth was significantly greater in Y, X had no effect. ✘
避免“无用的”名词化（动词的名词形式）
- We investigated the effect of… ✔
- We conducted an investigation into the effect of… ✘
- The floods considerably eroded the land ✔
- There was considerable erosion of the land from the floods. ✘
上面就是这次推文的主要内容，纸上得来终觉浅，掌握这些规则后，我们还要通过花时间分析其他人的写作风格来提高自身的写作水平。我们都阅读了很多论文，有些读起来很愉快，有些则令人困惑。试弄清楚为什么一篇论文比其他论文更容易理解也对我们写作很重要。最后愿大家在掌握好强大的生信分析技能后，写作发文章的技能也是越来越好，拿到更低排名靠前的第一作者。
参考资料：
整理翻译于：
https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/hub/journal/13652664/journal-resources/guide-to-scientific-writing
