最开始是想安装 Bioconductor 中的 minfi(https://github.com/hansenlab/minfi)这个 R 包,但是发现不管是 conda 还是 BiocManager::install("minfi") 总不能成功,依赖包贼多不说,有些依赖包还特别坑爹。
首先要说的是 sparseMatrixStats(https://github.com/const-ae/sparseMatrixStats),虽然这个包比较坑,但作者起码在 GitHub 上给出了说明和解决方法。
最坑的应该是一个叫 rhdf5filters(https://github.com/grimbough/rhdf5filters)的 R 包,费劲了九牛二虎之力都没搞好,尤其是在 GCC-4.8.5 编译器下有人说 "assume it is just obsolete compiler",让我感觉到我的 CentOS-6.5 gcc-4.8.5 想要安装好它基本是没戏了!
几经折腾,虽然最终在 R-3.4 中倒腾成功了,但是对于 R>=3.5 总是耿耿于怀想再尝试一下(不见棺材不落泪