受检者信息
女，27岁，肥胖，重度智力障碍，身材矮小，性腺发育不全
检测方法
分别使用低深度全基因组测序(Low-pass WGS, CNV-seq)、染色体微阵列芯片(CytoScan 750K，SNP Array )、中深度全基因组测序(3X WGS，CNV-seq Pro)对受检者进行染色体变异分析
检测结果
低深度全基因组测序
(Low-pass WGS, CNV-seq)结果：
未检出染色体非整倍体、100Kb以上的基因组拷贝数变异
染色体微阵列芯片
(CytoScan 750K，SNP Array)结果：
中深度全基因组测序
(3X WGS，CNV-seq Pro)结果：
结果分析
虽然低深度CNV-seq未检测到异常，但是SNP Array和CNV-seq Pro都检出15号染色体部分ROH，涉及PWS/Angelman综合征区域，和主诉相符。目前市面上常见的CNV-seq产品测序深度大都分布在0.05X到1X，无法判断绝大多数SNP位点的杂合性或者等位基因频率，因此低深度的CNV-seq并不能有效检出ROH。这与已发表的《低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识》中CNV-seq无法对包括单亲二体（UPD）在内的杂合性缺失进行检测的局限性一致。[1]
这里再简单介绍下几个概念，ROH / LOH / UPD / IBD， 具体概念介绍可以看我们的另外一篇文章 （ROH大揭秘）。我们可以这样简单理解：
- ROH，长纯合区域，名词
- LOH，杂合性缺失，形容词，表明该区域的状态是LOH
- UPD，单亲二体，指原因，导致ROH的原因可能为UPD
- IBD，血缘同源，指原因，导致ROH的原因可能为IBD，近亲结婚。
UPD疾病在产前发育异常、儿童智力低下、发育迟缓等很多疾病中，都是非常重要的一个原因。UPD的人群携带率约为1/2000。[2]
中深度全基因组测序（3X WGS，CNV-seq Pro）中平均每个碱基被3条reads覆盖，虽然进行变异检测(Variant Calling)的结果具有波动性，但是通过选取人群高频位点，使用滑窗的方法对位点的VAF(Variant Allele Frequency)进行平滑处理，可以可靠地检测ROH。同时CNV-seq Pro可以提高CNV检测的精度和分辨率，提示病原微生物感染等。
博圣医学是博圣旗下提供第三方医学检测服务的独立品牌。博圣医学基于基因组学与代谢组学技术构建了包括测序、质谱在内的国际顶尖检测平台，建立了大型计算机集群和生物大数据分析平台，并且配备了专业的实验检测团队、生信团队和遗传咨询团队。博圣医学目前可以为临床机构及其他医学检测机构提供遗传病医学检测服务，如孕前/孕早期遗传病携带者筛查、无创产前筛查、流产遗传学病因诊断、新生儿遗传病基因筛查、常见儿童及成人遗传性疾病诊断等。博圣医学以降低出生缺陷发生率、关爱妇幼健康为目的，为生命的孕育、出生、成长护航。
博圣医学有着丰富的CNV-seq和CMA检测经验，累计完成30万余例，拥有行业领先的本地变异库等数据库。
最新开发的CNV-seq Pro也将于近期上线！
敬请期待
参考文献：
[1]中华医学会医学遗传学分会临床遗传学组.低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识[J].中华医学遗传学杂志,2019,36(4):293-296.
[2]Daniela Del Gaudio , Marwan Shinawi，et al .Diagnostic testing for uniparental disomy: a points to consider statement from the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)[J].Genet Med，2020,22(7):1133-1141.
END
