ggballoonplot(气球图)可用于多分类数据的可视化展示,其中每个单元格都包含一个点,其大小反映了相应组件的相对大小。
本文将使用ggpubr中的ggballoonplot()
函数以及ggplot2分别绘制。
一 载入数据,R包
一、载入R包 数据
#使用示例数据
代码语言:javascript复制library(ggpubr)
library(ggplot2)
library(openxlsx)
#载入示例数据集
my_data <- read.xlsx("ggballoonplot.xlsx")
head(my_data)tail(my_data)
注意先将数据整理成长整型数据,可阅读Tidyverse|tidyr数据重塑之gather,spread(长数据宽数据转化)
二 ggballoonplot绘制气球图
代码语言:javascript复制ggballoonplot(my_data, x = "database", y = "Gene", size = "Pvalue",
fill = "type",
ggtheme = theme_bw())
这样就可以很明显的比较不同数据集中,重点基因的表达上调,下调情况以及 差异表达的P值。
更多参数请参考:https://www.rdocumentation.org/packages/ggpubr/versions/0.4.0/topics/ggballoonplot
三、 ggplot2绘制气泡图
使用ggplot2绘制气球图,按照点图的方式绘制即可。
代码语言:javascript复制ggplot(my_data, aes(x = database, y = Gene, size = Pvalue, color=type))
geom_point()
可以参考之前ggplot2的相关推文进行图形优化。