答读者问：R语言ggplot2画气泡图展示相关性分析的结果~文末留言送书

2021-03-26 15:25:21 浏览数 (1)

有读者在公众号后台留言问下图应该如何实现

image.png

实现这个图的办法很多，今天的推文介绍使用R语言ggplot2包实现这个图的方法。

第一步是准备数据

部分数据集如下

image.png

总共4列

  • 前两列是变量
  • 第三列是相关系数
  • 第四列是 显著性P值

前面的变量需要注意的是，因为只画上三角，所以准备数据的时候是 ：

总共的变量是10个 第一列10个x1，接下来是紧接着9个x2,然后是8个x3

第一步树读入数据
代码语言：javascript复制
df<-read.csv("20210320.csv",header=T)
head(df)
增加一列显著性的星号
代码语言：javascript复制
library(dplyr)
df%>%
  mutate(label=case_when(
    signi<0.001 ~ "***",
    signi>0.001&signi<0.01 ~ "**",
    signi>0.01&signi<0.05 ~ "*",
    TRUE ~ ""
    )
  ) -> df1
接下来是作图

首先是上三角的气泡图

代码语言：javascript复制
library(ggplot2)
ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y)) 
  geom_point(aes(size=value,color=value)) 
  scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc",
                       breaks=seq(-1,1,0.2)) 
  scale_size_continuous(range = c(5,15)) 
  guides(size=F)

image.png

这样的话X10的位置是不对的，所以要设置一下因子的水平

代码语言：javascript复制
df1$var_x<-factor(df1$var_x,
                 levels = paste0("X",1:10))
df1$var_y<-factor(df1$var_y,
                 levels = paste0("X",1:10))
ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y)) 
  geom_point(aes(size=value,color=value)) 
  scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc",
                       breaks=seq(-1,1,0.2)) 
  scale_size_continuous(range = c(5,15)) 
  guides(size=F)

这样就对了

接下来是添加文字，首先把对角线那一列去掉

代码语言：javascript复制
df1%>%
  filter(var_x!=var_y) -> df2
head(df2)
ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y)) 
  geom_point(aes(size=value,color=value)) 
  scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc",
                       breaks=seq(-1,1,0.2)) 
  scale_size_continuous(range = c(5,15)) 
  guides(size=F) 
  theme_bw() 
  geom_text(data=df2,aes(x=var_y,y=var_x,
                        label=paste0(value,label)))

image.png

最后调整一下图例的高度

代码语言：javascript复制
df1%>%
  filter(var_x!=var_y) -> df2
head(df2)
ggplot(data=df1,aes(x=var_x,y=var_y)) 
  geom_point(aes(size=value,color=value)) 
  scale_color_gradient(low = "#80fcfe",high = "#ff80fc",
                       breaks=seq(-1,1,0.2)) 
  scale_size_continuous(range = c(5,15)) 
  guides(size=F) 
  theme_bw() 
  geom_text(data=df2,aes(x=var_y,y=var_x,
                        label=paste0(value,label))) 
  theme(legend.key.height = unit(3.5,'cm'),
        legend.justification = c(0,0),
        legend.title = element_blank())

image.png

这样就做好了

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