SMILES 与 chemfig
针对化学分子结构,可以用SMILES
(用ASCII字符串明确描述分子结构的规范)来定义。
SMILES(Simplified molecular input line entry specification),简化分子线性输入规范,是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范。SMILES由Arthur Weininger和David Weininger于20世纪80年代晚期开发,并由其他人,尤其是日光化学信息系统有限公司(Daylight Chemical Information Systems Inc.),修改和扩展
但是SMILES
需要一定的化学基础,而chemfig
则是从图形层面定义了一套规范,方便定义和显示化学式。当然,SMILES
可以方便的转换到chemfig
.
比如:
代码语言:javascript复制CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
可通过mol2chemfig进行转换:
代码语言:javascript复制mol2chemfig -wz -i direct 'CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C' > caffeine.tex
转换后:
代码语言:javascript复制chemfig{-[:138]N-[:84]=^[:156]N-[:228]=[:300](-[:240](-[:180]N(-[:240]%
)-[:120](-[:60]N(-[:120])-)=[:180]O)=[:300]O)-[:12]phantom{N}}
chemfig 转换为pdf
我们可以通过pdflatex(textlive的一个工具)来转换tex为pdf:
拉取txtlive镜像:
代码语言:javascript复制docker pull listx/texlive:2020
docker run -it --rm -v `pwd`:/app listx/texlive:2020 bash
公司内部可以使用镜像:hub.iflytek.com/ainote/texlive:2020
然后用pdflatex转换。首先,我们生成一个tex文件test.tex
,一个空tex文件,使用mol2chemfig
(可从mol2chemfig下载),中间放上chemfig{H_3C-[:30]N**6(-(=O)-(**5(-N(-CH_3)--N-))--N(-CH_3)-(=O)-)}
,
documentclass{minimal}
usepackage{xcolor, mol2chemfig}
usepackage[margin=(margin)spt,papersize={%(width)spt, %(height)spt}]{geometry}
usepackage[helvet]{sfmath}
setcrambond{2.5pt}{0.4pt}{1.0pt}
setbondoffset{1pt}
setdoublesep{2pt}
setatomsep{%(atomsep)spt}
renewcommand{printatom}[1]{fontsize{8pt}{10pt}selectfont{ensuremath{mathsf{#1}}}}
setlength{parindent}{0pt}
setlength{fboxsep}{0pt}
begin{document}
vspace*{fill}
vspace{-8pt}
begin{center}
chemfig{H_3C-[:30]N**6(-(=O)-(**5(-N(-CH_3)--N-))--N(-CH_3)-(=O)-)}
end{center}
vspace*{fill}
end{document}
然后执行转换:
代码语言:javascript复制pdflatex -interaction=nonstopmode test.tex
等待1~2s,可以看到生成的pdf,打开:
如何返回给前端呢,可以读取文件,然后转换为base64,python代码:
代码语言:javascript复制pdfstring = open('test.pdf').read()
encoded = base64.encodestring(pdfstring)
pdflink = "data:application/pdf;base64,{}".format(encoded)
感谢您的认真阅读。
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