最佳生物信息工作环境

2020-11-19 16:39:43 浏览数 (1)

日常工作环境的好坏直接影响我们的心情和效率，这篇文章介绍一下我这些年用得顺手的一些工具。

1.本地电脑

平台： Mac电脑，强烈建议搞生信用Mac air 或 Mac Pro

终端： iTerm2，比系统自带的好用太多

编辑器：

  • 写代码：Visual Studio Code或Sublime Text
  • 写Markdown文档：Typora
  • R画图：当然是Rstudio了
  • 工作日记：印象笔记，工作日志在一处记录，所有平台都能同步（电脑，手机，平板）

2.服务器

操作系统： Ubuntu首选，其次Centos，因为Centos为了追求稳定，内核往往比较旧，有时候一些软件会安装不上，非常麻烦。

Shell： Bash，建议安装bash-it主题

编辑器： vim，编辑器之神， 一般Linux系统都自带，这也是用它的好处之一，无需安装，学会这一个，在任务服务器上都能编辑文本文件（这也是我们打交道最多的一种文件格式，不管是Shell, Python, Perl或R脚本，还是Fasta/Fastq格式的序列文件，本质上都是文本文件）

生信软件安装： 先安装Anaconda，然后添加bioconda源来实现安装生信软件的目的,文末附有我的Anaconda配置文件.condarc，添加了清华大学的镜像。

查看后台任务： htop，由于经常要看后台的任务没有没跑完，htop比系统自带的top命令好用

代码管理： GitHub，生信人平时会写很多脚本，这些脚本在未来某一天可能会再次用到，因此养成良好的备份代码的习惯非常重要，这样日积月累，自己的套路就会越积越多。

以上，就是我的工作环境，供大家参考。

附：

Anaconda配置文件.condarc文件（位于用户家目录~下）：

代码语言：javascript复制
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
  - bioconda
  - r
  - defaults
  - conda-forge
show_channel_urls: true
ssl_verify: false

[1] iTerm2: https://www.iterm2.com/ [2] Visual Studio Code: https://code.visualstudio.com/ [3] Sublime Text: http://www.sublimetext.com/3 [4] Typora: https://www.typora.io/ [5] Rstudio: https://rstudio.com/products/rstudio/ [6] 印象笔记: https://www.yinxiang.com/ [7] bash-it主题: https://github.com/Bash-it/bash-it [8] Anaconda: https://www.anaconda.com/ [9] GitHub: https://github.com/

网络安全 https anaconda bash shell

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