在计算系统发育多样性及随机性（βMNTD）等指标的时候，同时需要OTU文件及系统进化树的文件。
但有时两者包含的OTU并不完全一致，需要提前筛选一下。
这几天正好也有人问我。本文简单说明。
简
picante包里有两个函数可以分别对OTU和树进行修剪和删减：
剪
prune.sample:对树进行修剪，只保留OTU表中包含的OTU，剪去树上多余的OTU；
phy.tree = prune.sample(otu, tree)
减
match.phylo.comm: 对OTU表进行删减，只保留树中包含的OTU。
match.otu <- match.phylo.comm(phy.tree, otu)
见
得到的match.otu分别提取新的树和OTU即可：
otu = match.otu$comm
phy = match.otu$phy
。
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一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士，深受拖延症的困扰。想给自己一点压力，争取能够不定期分享学到的生信小技能，亦或看文献过程中的一些笔记与小收获，记录生活中的杂七杂八。
目前能力有限，尚不能创造知识，只是知识的搬运工。
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