（1）准备蛋白质
- 点击prepare protein选项，按照默认选择run。
- 选择已经准备好的蛋白质
（2）定义蛋白质结合位点
- Tools → Receptor-Ligand Interactions → Define and Edit Binding Site → Define Receptor。Ctrl h调出树状显示区，其中出现SBD_receptor。
- Define site → from curren selection。
（3）定义配体
在DS中打开配体：File → open，加氢：Chemistry → hydrogens → add；
（4）libdock
- 点击 Input Receptor 参数，从下拉列表中选择receptor设置受体蛋白。
- 点击 Input Ligands 参数，从下拉列表中选择“molecular:All”，指定对接配体。
- 点击 Input Site Sphere 参数，从下拉列表中选择 sphere 的坐标。
- 点击 Docking Preferences 参数，从下拉列表中选择“User Specified”，这允许你为对接计 算改变特定的参数。
- 展开 Docking Preferences 参数，点击 Max Hits to Save 参数，输入值“10”。
