Illumina测序什么时候会测序到接头序列？

什么是插入片段？

在NGS基础 - 高通量测序原理中提到过文库的构建，具体如下图

图中黑色片段即为我们的插入片段。根据测序用途不同，插入片段一般也不同。

• 常规转录组测序、重测序插入片段为 200-300 nt。
• 扩增子测序插入片段长度取决于使用的扩增引物，一般400-550nt。
• 小 RNA 测序插入片段长度为 18-40 nt。

插入片段长短与测序接头是什么关系呢？

我们看下测序的过程：

测序引物锚定在序列模板上，正好与模板的Rd2 SP (SP: sequence primer测序引物)完全互补配对，随后开始边合成边测序，所以测序reads 5'端的接头和引物序列都不会被测到，直接跳过。测序的第一个碱基是插入片段的第一个碱基。依次继续测。

• 假如测序读长小于插入片段大小，那么插入片段部分都没有测通，另一端的Rd1 SP和P5序列都不会被测到，获得的 reads自然就不会存在与我们目标序列无关的接头序列部分。
• 假如测序读长大于插入片段大小，那么插入片段全部测通之后，另一端的Rd1 SP和P5序列可能都会被测到，获得的 reads自然就会包含接头序列部分。

常规转录组测序、基因组重测序、扩增子测序，使用模式为PE 150和PE 250,单端的读长大都不会长于插入片段，通常是不会测到接头序列的。

为什么一批数据有的序列有接头，有的没有接头

常规转录组测序、基因组重测序 DNA 片段因为片段化方式不同，如酶切或超声打断，获得的片段大小不是完全一致的，大部分目标片段长度集中于200-300 nt，但也有一部分会短于150 nt甚至再短一些，这部分片段被测序时就会产生长短不一的接头序列部分。