【Image J】图像的背景校正

2021-01-11 15:51:26 浏览数 (1)

1、为什么需要校正图像背景?

答:无论是明场还是荧光场的图像,都可能出现一定程度的光照不均匀。这种不均匀不仅影响图像的美观,而且也会影响对该图像的测量分析(尤其是荧光图像)。如下:

(明场:光强不均匀,左弱右强)

(荧光场:光强不均匀,左弱右强)

2、如何使用Image j进行图像背景校正?

答:打开Image j 后,再打开需要校正过的图像。随后选择process,选择subtrack background。在弹出的窗口中调整参数和设置,对图像背景进行校正(注意:明场与荧光场图像参数设置存在区别)。

参数的含义:引用自CSDN社区中程序员的解释,↓

【去除平滑的连续的背景,基于“rolling ball”算法。想象一个二维灰度图有一个第三维度,其值是每个点的像素值的大小,一个有特定半径的球在这个表面下面滚动,碰到该图的点就是要去除的背景。

  • Rolling Ball Radius:抛物线的曲率半径。
  • Light Background:允许处理明亮背景、对象深色的情形。
  • Separate colors:仅适用于RGB图像,如果未勾选,则操作仅影响亮度,而不对灰度和饱和度进行操作。
  • Create background (Don’t subtract):勾选后,输出不再是扣除了背景的图片,而是背景本身。
  • Sliding Paraboloid:勾选后,球被一个有相同曲率的的抛物面所替代。
  • Disable Smoothing:为了计算背景,图片会先用一个3*3的最大值滤波器进行滤波,从而去除异常值和噪点的影响。勾选后,使用原始值进行操作。】

3、还有其它校正方法吗?

答:当然有。那就是Background _ Correction _. java (大家可自行前往官网下载这个插件放在image j安装文件的plugins文件中,重启软件即可使用)。

这是一款Image j插件,尽管该插件仅能对8 bit图像(灰度图)进行背景校正,但是它的算法可以对图像中的内容进行非常棒的边界分割。

这种分割效果,非常利于计数分析,如我们对密集细胞进行自动计数。

或者下图更密集的细胞,想象一下,如果没有这么一个操作,仅通过阈值二元分割,很难计数细胞个数。大伙可以看看,图像处理后的细胞边界分割效果很不错。

插件的处理原理:1.生成通过最小排名的迭代以及用户定义的迭代次数估算的背景图像。2.从原始图像中减去背景图像并生成结果图像。3.对比度增强结果图像。

4、什么时候不可以进行背景处理?

答:明场图像进行背景处理一般来说问题不大,但是要注意同批次的图像要使用相同的参数。最好是能够自动化批量操作,今后有机会我会补上这一操作的图文教程。

荧光场的图像尤其要注意。如果要进行荧光强度测定,个人不赞同进行背景校正。因为校正操作会影响阳性表达区域的荧光强度(或灰度)。

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